Jakub (Dydak) Alojzy de San Vitores urodził się 12 listopada 1627 roku w Burgos w Hiszpanii. Był synem szlachcica. Rodzice pragnęli dla niego kariery wojskowej, ale San Vitores wybrał drogę powołania. Mając 13 lat wstąpił do nowicjatu u jezuitów. W 1651 roku wyświęcono go na kapłana. Odznaczał się gorliwością w życiu duchownym i wielkimi zdolnościami. Uważał, że jego powołaniem jest służba wśród nieznających Chrystusa, co zostało potwierdzone wysłaniem go na misję decyzją ówczesnego generała zakonu Goswina Nickela. Wcześniej jednak posłano go do pracy nauczycielskiej na uniwersytetach w Toledo, Madrycie i Alcali.
W 1660 roku pożegnał ojczyznę i udał się do Meksyku. W 1662 r. dostał się na Filipiny, gdzie pełnił obowiązki magistra nowicjatu, prefekta studiów i profesora teologii, a równocześnie pracował apostolsko wśród tubylców. W 1666 roku jego misja na Filipinach dobiegła końca. Następnym przystankiem na jego drodze była wyspa Guam na Marianach. Ojciec San Vitores wykorzystał swoje wpływy na dworze królewskim, aby przekonać króla Filipa IV i królową Marię Annę Austriacką do ustanowienia tam misji - w ten sposób stał się ojcem Kościoła na wyspie. To również on nadał nazwę archipelagowi Marianów - na cześć regentki Hiszpanki Marii Anny i Maryi Dziewicy.
2 kwietnia 1672 roku wódz Guam, Mata'pang, który był apostatą, kazał zamordować o. San Vitoresa za ochrzczenie swojej córki podczas jego nieobecności (choć prawdopodobnie za zgodą matki dziecka, które było umierające). Dokładne motywacje tej decyzji nie są jednak znane. Ponoć chiński czarownik rozpuścił pogłoskę, że woda święcona powoduje śmierć niemowląt, ponieważ przenosi europejskie choroby. Egzekucja zakonnika spowodowała odwet władz hiszpańskich i zaostrzyła trwającą wówczas wojnę pomiędzy Hiszpanią a Chamorro (ludnością rdzenną wyspy Guam). Ojcu San Vitoresowi towarzyszył w feralnej misji młody katechista Piotr Calungsod (kanonizowany w 2012 r.), który miał możliwość ucieczki, jednak nie zostawił kapłana samego. Został zamordowany jednocześnie z o. San Vitoresem, który w ostatnich chwilach udzielił mu rozgrzeszenia.
W 1985 r. św. Jan Paweł II zaliczył Jakuba Alojzego de San Vitores w poczet błogosławionych.