Małgorzata przyszła na świat 17 kwietnia 1620 roku w Troyes, w Szampanii (Francja). Tego samego dnia jej rodzice, Abraham i Guillemette z domu Gamier, zanieśli ją do kościoła parafialnego pod wezwaniem św. Jana, gdzie przyjęła chrzest. Kościół znajdował się tuż koło domu rodziny Bourgeoys, należącej do średniozamożnej szlachty. Dziewczynka była szóstym z dwanaściorga dzieci.
Gdy Małgorzata miała 19 lat, zmarła jej mama. Rok później jej udziałem stało się wyjątkowe zdarzenie. Podczas uroczystej procesji ku czci Matki Bożej Różańcowej, w dniu 7 października, gdy jej spojrzenie zatrzymało się na figurze Maryi Niepokalanej, doznała nagłego olśnienia. W głębi swego serca poczuła, że jej powołaniem jest poświęcić się wyłącznej służbie Bogu. Od tej chwili wszystkimi siłami swojej młodej duszy pragnęła poddać się woli Bożej.
Niebawem wstąpiła do wspólnoty w Troyes, która skupiała młode dziewczęta pragnące poświęcić się nauczaniu dzieci w ubogich dzielnicach miasta. Przebywając w tym zgromadzeniu, dowiedziała się o powstałej w Montrealu fundacji Ville Marie. Obudziło się w niej pragnienie wyruszenia na misje za ocean, które nie opuszczało jej przez następne dziesięć lat. W 1652 roku spotkała pana de Maisonneuve, założyciela i zarządcę wielu charytatywnych dzieł w Nowej Francji. Poszukiwał on właśnie osób gotowych służyć dzieciom francuskich osadników i indiańskim sierotom. Małgorzata nie czekała dłużej. W lutym 1653 roku wyruszyła do Nowego Świata, jak wtedy nazywano Amerykę Północną, a już w listopadzie postawiła nogę na nowym lądzie.
Od razu zaangażowała się w odbudowę kościoła na Mount Royal, zniszczonego przez miejscowych Indian. Kierowała odbudową kaplicy pod wezwaniem Matki Bożej. Z każdym dniem wzmacniało się w niej przekonanie, że służba w charakterze pielęgniarki, nauczycielki i opiekunki młodzieży jest realizacją woli Bożej. Czuła to całym swoim sercem i duszą. W 1658 roku otworzyła pierwszą szkołę w Montrealu. Wiele czasu poświęcała także na organizację nowego zgromadzenia, którego zadaniem byłoby prowadzenie wcześniej rozpoczętych inicjatyw. Zorganizowała Sodalicję Mariańską, której członkinie w przyszłości zasiliły jego szeregi. Kilka lat później, w 1676 r., otrzymała zgodę biskupa - powstało zgromadzenie Sióstr Naszej Pani i Matki Bożej z Notre Dame, popularnie nazywane mariankami. Już w 1680 r. założono pierwszą placówkę na terenie Stanów Zjednoczonych. Na dwa lata przed śmiercią Małgorzata uzyskała oficjalne zatwierdzenie konstytucji nowego instytutu.
Zmarła 12 stycznia 1700 roku w Montrealu. Jej duchowe córki, w liczbie około dwóch i pół tysiąca, służą ubogim dziewczętom w szkołach i na uniwersytetach, propagując wartość rodziny jako fundamentu wzrostu moralnego każdego człowieka. Małgorzatę beatyfikował papież Pius XII w dniu 12 listopada 1950 r., kanonizował ją natomiast św. Jan Paweł II dnia 31 października 1982 roku.