Stanisław Papczyński urodził się 18 maja 1631 r. w Podegrodziu. Był synem Tomasza Papki, kowala, i Zofii z domu Tacikowskiej. Ochrzczony został imieniem Jan, które później zmienił. Już jako dziecko bawił się inaczej niż inne dzieci. Sporządzał małe "ołtarzyki", organizował procesje podobne do kościelnych. Od wczesnej młodości wyróżniał się wielkim nabożeństwem do Opatrzności Bożej, Męki Pańskiej, Najświętszego Sakramentu, Najświętszej Maryi Panny, był też gorącym orędownikiem modlitwy za dusze czyśćcowe. Naukę zaczął w szkole parafialnej w rodzinnym Podegrodziu, kontynuował ją natomiast w Nowym Sączu. Kształcił się też krótko w kolegium jezuickim w Jarosławiu, potem udał się do kolegium jezuitów we Lwowie, gdzie jednak nie został przyjęty. Przez pewien czas był korepetytorem, ale zapadł na ciężką chorobę i cudownie uleczony w 1649 r., wrócił do Podegrodzia. Dalszą naukę podjął kolejno w kolegium pijarów w Podolińcu i w kolegium jezuitów we Lwowie; musiał to miasto opuścić z powodu wojny; trafił także do kolegium jezuitów w Rawie Mazowieckiej.
Po ukończeniu nauki zdecydował się wstąpić do zakonu pijarów z powodu maryjnego charakteru tego zgromadzenia. W 1656 r. złożył śluby zakonne, a 12 marca 1661 r. przyjął w Brzozowie k. Rzeszowa święcenia kapłańskie z rąk biskupa przemyskiego Stanisława Tarnowskiego. Pracował jako kaznodzieja, moderator bractwa Matki Bożej Łaskawej, prefekt w kolegium, dwukrotnie był czasowym zastępcą rektora w domu zakonnym w Warszawie. Był też cenionym spowiednikiem. Wiadomo, że spowiadał m.in. nuncjusza papieskiego w Polsce Antonio Pignatellego (przebywającego w Polsce w latach 1660-1668), który później został papieżem Innocentym XII.
27 września 1667 r. wyjechał do Rzymu na wezwanie przełożonego generalnego. W 1668 r. został wysłany przez generała do Nikolsburga (Mikulov, Czechy), a rok później we wrześniu przyjechał do rezydencji pijarów na Kazimierzu w Krakowie. W styczniu 1670 r. został uwięziony, najpierw w domu zakonnym w Podolińcu, a później w Prievidzy (Słowacja). Po 3 miesiącach został zwolniony i wrócił na Kazimierz i oddał się pod opiekę biskupa. Zrażony panującą wśród pijarów tendencją do łagodzenia reguły, w 1670 r. poprosił o zwolnienie ze ślubów i przystąpił do zakładania nowego dzieła apostolskiego. 11 grudnia tego roku z rąk wiceprowincjała M. Krausa otrzymał dyspensę papieską i jednocześnie w obecności tych samych osób dokonał aktu oblatio z zamiarem założenia Zakonu Marianów od Niepokalanego Poczęcia NMP.
Od 1671 r. przez dwa lata był kapelanem u Karskich w Luboczy, tu przyjął biały habit na cześć Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. 30 września 1673 r. za radą o. Franciszka Wilgi, kameduły, i za zgodą biskupa Stefana Wierzbowskiego, o. Papczyński przybył do Puszczy Korabiewskiej (zwanej potem Maryjańską, obecnie - Mariańską), gdzie został przełożonym wspólnoty pustelników. Biskup Jacek Święcicki, archidiakon i oficjał warszawski, podczas wizytacji 24 października 1673 r. zatwierdził dekretem pierwszy klasztor zakonu marianów. Ten moment uważa się za początek historii Zgromadzenia Księży Marianów. W 1677 r. fundacja instytutu Księży Eremitów Marianów w Puszczy Korabiewskiej została zaaprobowana przez Sejm Rzeczypospolitej. W tym samym roku biskup poznański Stefan Wierzbowski zaprosił marianów do tworzonej właśnie Nowej Jerozolimy (obecnie Góra Kalwaria). Stanisław Papczyński wraz ze swoją wspólnotą roztoczył tam opiekę duszpasterską nad pielgrzymami. W czerwcu 1684 r. Założyciel zwołał w Puszczy Korabiewskiej pierwszą kapitułę generalną, a sześć lat później pojechał do Rzymu, by uzyskać aprobatę papieską dla mariańskiego instytutu. Jednak choroba pokrzyżowała jego plany i musiał wrócić, nie osiągnąwszy celu. Jesienią 1698 r. wysłał do Rzymu w tej samej sprawie o. Joachima Kozłowskiego. 21 września 1699 r. zakon marianów uzyskał aprobatę od Stolicy Apostolskiej; po przyjęciu "Reguły Dziesięciu Cnót Najświętszej Maryi Panny" i agregacji do zakonu Braci Mniejszych zakon marianów stał się zakonem o ślubach uroczystych. 15 października tego roku powstała trzecia fundacja w Goźlinie.
6 czerwca 1701 r. o. Stanisław Papczyński złożył w Warszawie uroczyste śluby na ręce nuncjusza apostolskiego Franciszka Pignatellego (w Polsce w latach 1700-1703). Miesiąc później przyjął profesję zakonną swoich współbraci. Przez ostatnie lata założyciel marianów stopniowo zapadał na zdrowiu i 17 września 1701 r. umarł w Górze Kalwarii, gdzie też w kościele Wieczerzy Pańskiej został pochowany. Do dziś jego doczesne szczątki doznają czci w tym maleńkim kościele na Mariankach w Górze Kalwarii.
Beatyfikacji o. Stanisława dokonał 16 września 2007 r. w Licheniu kard. Tarcisio Bertone, legat papieski. Wspomnienie liturgiczne obchodzone jest 18 maja - w dniu urodzin.