Filip urodził się we Florencji 21 lipca 1515 r. jako syn Franciszka i Lukrecji Mosciano. Na chrzcie otrzymał imiona Filip Romulus. Był bardzo pociągający w swojej zewnętrznej postaci, jak też w obejściu. Wyróżniał się poczuciem humoru i talentem jednania sobie ludzi. Początkowo nauki pobierał we florenckiej szkole S. Giorgio. Duchowo kształtowali go dominikanie z konwentu San Marco (przez cale życie był wielbicielem Girolamo Savonaroli). Po przedwczesnej śmierci matki i starszego brata, kiedy pogorszyły się znacznie warunki majątkowe ojca, Filip udał się do swojego bezdzietnego stryja w San Germano (dziś miasto Cassino) pod Monte Cassino, by wyręczyć go w zawodzie kupca i odziedziczyć po nim znaczną fortunę. Miał wówczas 17 lat. W czasie pobytu u stryja odwiedzał często opactwo benedyktynów, a jego kierownikiem duchowym był Euzebiusz z Eboli. Przyjął wówczas za swoją dewizę benedyktynów: Nihil amori Christi praeponere (Nic nie przedkładać ponad miłość do Chrystusa).
Wkrótce Filip zrezygnował z pomyślnej dla siebie okazji zdobycia zawodu i majątku i udał się do Gaety. Po krótkim pobycie w tym mieście skierował swoje kroki do Rzymu, gdzie miał pozostać do końca swego życia - a więc przez ponad 60 lat (1534-1595).
Tam rozpoczął studia filozoficzne i teologiczne. Jednocześnie był wychowawcą dwóch synów w domu zamożnego florentczyka, dzięki czemu miał zapewniony byt. Prowadził życie modlitwy i umartwienia. W wolnym czasie nawiedzał kościoły, sanktuaria i zabytki Wiecznego Miasta. Kiedy w roku 1544 w Zielone Święta znalazł się w katakumbach św. Sebastiana, które były ulubionym miejscem jego wypraw, wpadł w ekstatyczny zachwyt: poczuł, jak tajemnicza ręka wyciąga mu z boku dwa żebra, a jego serce, podobne do ognistej kuli, groziło rozsadzeniem piersi. W tym czasie Filip założył towarzystwo religijne pod nazwą "Bractwa Trójcy Świętej" do obsługi pielgrzymów i chorych. Widział bowiem, jak te wielkie rzesze pątników potrzebowały pomocy duchowej, a często i materialnej. Był to rok 1548. Przez tę posługę zyskał sobie miano "Apostoła Rzymu".
Momentem przełomowym w życiu Filipa był rok 1551, kiedy to za namową spowiednika przyjął święcenia kapłańskie. Miał już wtedy 36 lat. Jako kapłan musiał być jednak przydzielony do jakiegoś kościoła. Zamieszkał więc w konwikcie św. Hieronima della Carità w centrum Rzymu. Tu właśnie dojrzało wielkie dzieło jego apostolskiego serca, Oratorium. Zrodziło się ono z troski Filipa o poziom wiedzy religijnej penitentów, który w owych czasach był bardzo niski. Początkowo w ciasnej izbie swojego pokoju, potem w kaplicy konwiktu, Filip zaczął gromadzić kapłanów, zakonników, mieszczan, kupców, artystów. Wspólna modlitwa, spotkania i rozmowy osobiste, spowiedź, czytanie duchowe, konferencje i dyskusje na aktualne tematy, rekolekcje - to program tych spotkań. Oratorium było otwarte dla wszystkich ludzi dobrej woli. Filip organizował także koncerty muzyczne oraz nabożeństwa, w czasie których śpiewane były pieśni pochwalne w formie dialogów. Ta forma muzyczna (wokalno-instrumentalna) przyjęła nazwę od miejsca pierwszych wykonań i do dziś znana jest jako oratorium (szczególnym rodzajem oratorium jest pasja).

Z czasem zebrała się pewna liczba uczniów, którzy chcieli być bliżej Chrystusa. Filip zaprawiał ich więc do zjednoczenia z Bogiem, do cnót chrześcijańskich i do uczynków miłosierdzia. Na placach bawił się z dziećmi, by je potem gromadami prowadzić do kościoła. Był to dotąd zupełnie nieznany styl apostołowania i prowadzenia duszpasterstwa. Do Oratorium spieszyła cała elita duchowa Rzymu. Tu właśnie rodziły się plany reform. Do grona przyjaciół Filipa należeli m.in.: św. Kamil de Lellis, św. Feliks z Cantalice, św. Jan Leonardi, św. Franciszek Salezy, św. Ignacy Loyola i wielu innych.
W roku 1564 florentczycy oddali Filipowi w zarząd swój kościół pw. św. Jana. Tu właśnie pozostali przy nim jego duchowi synowie, zwani potem oratorianami czy też filipinami. Prowadzili życie wspólne, nie związani wszakże żadnymi ślubami. Ta swoboda pozostała do dzisiaj cechą charakterystyczną oratorianów. Filip umiał swych duchowych synów zainteresować nie tylko sprawami religijnymi i duchowymi, ale także nauką i kulturą. W jego domu odbywały się więc koncerty muzyczne, prelekcje o sztuce, archeologii i historii. Za datę założenia oratorianów przyjmuje się rok 1565. Zatwierdził ich papież Grzegorz XIII już w roku 1575. Regułę dla nowego zgromadzenia Filip napisał jednak dopiero w roku 1583, na podstawie wielu lat doświadczenia i praktyki. Nadawała ona poszczególnym kapłanom dużo swobody. Każdy dom jest do dziś niezależny. Dopiero od roku 1942 Stolica Apostolska połączyła wszystkie placówki w jeden, wspólny, ale bardzo luźny organizm.
Wkrótce pojawili się przeciwnicy poczynań Filipa. Oskarżyli oni go o to, że sprzyja "nowinkom" niebezpiecznym dla wiary. Doszło do tego, że surowy papież Paweł IV (+ 1559) zakazał mu na czas pewien działalności. Kuria Rzymska odebrała mu nawet prawo do spowiadania, co równało się z karą kościelnej suspensy. Kolejni papieże obdarzyli go jednak ponownie zrozumieniem i odwołali ten zakaz. Filip Neri był doradcą papieży i kierownikiem duchowym wielu dostojników. Był jednym z najbardziej wesołych świętych. Zmarł wyczerpany pracą na rękach swych duchowych synów 26 maja 1595 r. w noc święta Bożego Ciała. Miał wcześniej podać godzinę swojej śmierci. Pochowany został w kościele Santa Maria Chiesa Nuova w Rzymie. Przekonanie o świętości kapłana było tak powszechne, że chociaż w owych czasach zaczęto wprowadzać do procesów kanonizacyjnych coraz surowsze wymagania, beatyfikacja sługi Bożego odbyła się już w 15 lat po jego śmierci. Dokonał jej 11 maja 1610 r. papież Paweł V. W dwanaście lat później papież Grzegorz XV dokonał jego kanonizacji (12 marca 1622 r.).

W ikonografii św. Filip przedstawiany jest jako mężczyzna w średnim wieku, z krótką brodą, w sutannie i birecie. Jego atrybutem jest lilia, serce i lilia.