Jan urodził się 20 grudnia 1576 r. w Skoczowie nad Wisłą (na Śląsku Cieszyńskim), skąd pochodził jego ojciec, Grzegorz Maciej Sarkander. Matka natomiast, Helena z Góreckich, była szlachcianką, która po śmierci pierwszego męża przybyła z Moraw. Jan miał czterech braci: przyrodniego Mateusza oraz rodzonych Wacława, Pawła i Mikołaja. Był z nich najmłodszy. Ochrzczony został w Skoczowie. Kiedy miał 12 lat, stracił ojca (1589) i cały trud utrzymania rodziny spadł na matkę. Rodzina przeniosła się do Przybora na Morawach, gdzie mieszkał Mateusz Welczowski, syn matki Jana z pierwszego małżeństwa. Jan uczęszczał tam do katolickiej szkoły parafialnej, skąd udał się do jezuickiego kolegium w Ołomuńcu (1593). Następnie na akademii w Ołomuńcu rozpoczął studia filozoficzne, by kontynuować je na uniwersytecie w Pradze. Studia uniwersyteckie uwieńczył stopniem doktora (1603). W latach 1604-1608 odbył studia teologiczne w Grazu, już z wyraźnym zamiarem poświęcenia się na służbę Bożą. Ukończył je również zdobyciem stopnia doktora. Prawdopodobnie decyzję o wstąpieniu do stanu duchownego podjął po śmierci narzeczonej, Anny Płaheckiej. W roku 1607 przyjął niższe święcenia kapłańskie, a w roku 1609 otrzymał święcenia prezbiteratu. Miał wówczas 33 lata.
Biskup przeznaczył młodego kapłana na wikariusza do Jaktaru koło Orawy. Następnie powierzono mu podobne stanowisko w Uszczowie, gdzie został aresztowany pod zarzutem udzielania bratu, Mikołajowi, pomocy w ucieczce z więzienia. W więzieniu w Kromieryżu Jan spędził 8 miesięcy. Po uwolnieniu wędrował po różnych parafiach jako wikariusz, wreszcie w roku 1616 został mianowany proboszczem w Holeszowie, oddalonym 10 km od Ołomuńca. Wielkorządca Moraw odebrał właśnie kościół parafialny husytom i jako katolik oddał go jezuitom. Ci zaproponowali na proboszcza Jana Sarkandra. Znany był on już bowiem wtedy jako niezłomny obrońca wiary. Gorliwy proboszcz z pomocą nie mniej gorliwych jezuitów zabrał się do odzyskania utraconych owieczek. W ciągu jednego roku zdołał przywrócić Kościołowi katolickiemu 250 odstępców. To ściągnęło na niego prześladowania ze strony husytów i protestantów. Doszło do tego, że urządzano na niego zamachy. Przez pewien czas nie mógł nawet odprawiać Mszy świętej, musiał się ukrywać.
Kiedy w 1618 r. wybuchła wojna trzydziestoletnia, przynaglony przez swoich parafian opuścił Holeszów. Jako pielgrzym udał się do Częstochowy. Spędził tam miesiąc. Kiedy wracał, w Rybniku dowiedział się, że luteranie zajęli kościół w Holeszowie. Udał się przeto do Krakowa, gdzie zamieszkał w jednym z klasztorów. Ponieważ nie przyjęto jego rezygnacji z urzędu proboszcza, wrócił na swoją placówkę.
W 1620 r. uchronił miasto przed grabieżą i spaleniem, wychodząc procesjonalnie naprzeciw nadciągającym wojskom lisowczyków (była to lekka jazda polska, która nie otrzymywała żołdu, a utrzymywała się z łupów wojennych). Posądzony przez protestantów o ich sprowadzenie, 13 lutego 1620 r. został aresztowany i uwięziony; był okrutnie torturowany. Wśród obelżywych słów usiłowano wymusić na proboszczu przyznanie się do zdrady stanu i narodu przez sprowadzenie najeźdźców. Chciano w ten sposób ukuć powód do powszechnego prześladowania katolików. Kiedy zaś kapłan nie chciał się przyznać do winy, której nie popełnił, zastosowano wobec niego tortury. Wyciągnięto go "na skrzypcach", tak że pękały na nim ścięgna, a kości wychodziły ze stawów. Potem zaczęto mu palić piersi zapalonymi pochodniami. Po czwartym przesłuchaniu (17 lutego) zarzucono mu wprost, że spowiadał się u niego wielkorządca Moraw, dlatego Jan powinien powiedzieć, jakie tajemnice mu on zawierzył. Ponieważ męczennik stanowczo odmówił, ponownie zaczęto rozciągać jego ciało, przypalać ogniem, głowę ściskać żelazną obręczą, do nóg przywiązywać kamień, by mięśnie i ścięgna naciągnąć aż do zerwania. Co pewien czas zdejmowano ofiarę i grożono nowymi katuszami, byle zmusić ją do obciążających zeznań. Tortury te trwały 3 godziny. Kiedy odniesiono kapłana do więzienia, był już tylko na pół żywy. Miał jednak zdumiewająco odporny organizm. W więzieniu męczył się jeszcze miesiąc; oddał Bogu ducha 17 marca 1620 roku wskutek odniesionych obrażeń.
Dopiero po 7 dniach udało się katolikom wydobyć ciało Męczennika z więzienia. Ubrano je w szaty liturgiczne i urządzono pogrzeb. Protestanci jednak rozbili pochód. Po długich zabiegach udało się uzyskać zezwolenie na pochowanie Jana Sarkandra w kościele Najświętszej Maryi Panny w Ołomuńcu, w kaplicy św. Wawrzyńca. Do grobu zaczęły napływać pielgrzymki. Po upływie 100 lat kardynał Wolfgang Schrattenbach rozpoczął proces kanoniczny ks. Jana. Jego ciało znaleziono wówczas w takim samym stanie, w jakim zostało pochowane. Grób Męczennika nawiedzili m.in.: król Jan III Sobieski, cesarz Karol VI i Franciszek I oraz cesarzowa Maria Teresa. Z chwilą rozpoczęcia procesu kościelnego przy jego grobie było już ok. 1200 złożonych darów wotywnych. Był czczony jako patron dobrej spowiedzi i tajemnicy spowiedzi. Papież Pius IX zaliczył Jana Sarkandra w poczet błogosławionych 6 maja 1859 r. Św. Jan Paweł II kanonizował go 21 maja 1995 r. w Ołomuńcu w Czechach - mieście męczeńskiej śmierci Jana. Następnego dnia papież odprawił Mszę dziękczynną za kanonizację w Skoczowie, miejscu urodzenia Świętego.