Bakanja urodził się ok. 1885 r. w Bokendela (obecnie w Demokratycznej Republice Konga). Pochodził z plemienia Boanga, z wielodzietnej rodziny ubogich rolników. Jako młodzieniec udał się do odległej miejscowości Mbandaka. Tam podjął pracę w jednej z kolonizacyjnych firm budowlanych. Nawiązał kontakt z misjonarzami z Belgii. 6 maja 1906 r. przyjął chrzest i nowe imię – Izydor. Przyjął także szkaplerz karmelitański.
Z uwagi na podeszły wiek rodziców Izydor powrócił do domu, a potem do Busiry, gdzie podjął pracę w spółce handlowej. Wkrótce przeniósł się ze swym pracodawcą do Ikili. Tam zmienił pracodawcę. Nowy pracodawca był ateistą. Nie pozwalał służbie na noszenie jakichkolwiek oznak religijnych oraz na wypełnianie praktyk. Na tym tle rodziły się poważne konflikty z pracownikami.
Za odmowę zdjęcia szkaplerza, za głoszenie Ewangelii i namawianie innych pracowników do przyjęcia chrztu, Izydor został dwukrotnie wychłostany; przy drugiej serii użyto bicza zakończonego gwoździami. Był to początek jego męczeńskiej, sześciomiesięcznej agonii, spowodowanej infekcją ran. Zmaltretowanego, konającego i porzuconego w lesie Izydora przewiózł do pobliskiej wioski (Ngomb'Isongu) inspektor plantacji kauczuku, powierzając go opiece miejscowych chrześcijan.
Izydor Bakanja zmarł mając ok. 24 lat w dniu 8 lub 15 sierpnia 1909 r. Beatyfikował go św. Jan Paweł II 24 kwietnia 1994 r. podczas I Specjalnego Zgromadzenia Synodu Biskupów poświęconego Afryce.