Jan Beyzym urodził się 15 maja 1850 roku w Beyzymach na Wołyniu, w rodzinie szlacheckiej. Po ukończeniu gimnazjum w Kijowie w 1872 r. wstąpił do Towarzystwa Jezusowego (jezuitów). 26 lipca 1881 r. w Krakowie przyjął święcenia kapłańskie. Przez wiele lat był wychowawcą i opiekunem młodzieży w kolegiach Towarzystwa Jezusowego w Tarnopolu i Chyrowie.
W wieku 48 lat podjął decyzję o wyjeździe na misje. Prośba, którą 23 października 1897 roku skierował do generała zakonu jezuitów, o. Ludwika Martina, świadczy o tym, że była ona głęboko przemyślana:

Rozpalony pragnieniem leczenia trędowatych, proszę usilnie Najprzewielebniejszego Ojca Generała o łaskawe wysłanie mnie do jakiegoś domu misyjnego, gdzie mógłbym służyć tym najbiedniejszym ludziom, dopóki będzie się to Bogu podobało. Wiem bardzo dobrze, co to jest trąd i na co muszę być przygotowany; to wszystko jednak mnie nie odstrasza, przeciwnie, pociąga, ponieważ dzięki takiej służbie łatwiej będę mógł wynagrodzić za swoje grzechy.

Generał wyraził zgodę. Początkowo o. Beyzym miał jechać do Indii, ale nie znał języka angielskiego. Udał się więc na Madagaskar, gdzie językiem urzędowym był francuski, którego Beyzym uczył się już w Chyrowie. Tam oddał wszystkie swoje siły, zdolności i serce opuszczonym, chorym, głodnym, wyrzuconym poza nawias społeczeństwa; szczególnie dużo uczynił dla trędowatych. Zamieszkał wśród nich na stałe, by opiekować się nimi dniem i nocą. Stworzył pionierskie dzieło, które uczyniło go prekursorem współczesnej opieki nad trędowatymi. Z ofiar zebranych głównie wśród rodaków w kraju (w Galicji) i na emigracji wybudował w 1911 r. w Maranie szpital dla 150 chorych, by zapewnić im leczenie i przywracać nadzieję. W głównym ołtarzu szpitalnej kaplicy znajduje się sprowadzona przez o. Beyzyma kopia obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. Do dzisiaj chorzy Malgasze otaczają Maryję z Jasnej Góry wielką czcią. Szpital bowiem istnieje do dziś.

Wyczerpany pracą ponad siły, o. Beyzym zmarł 2 października 1912 roku, otoczony nimbem bohaterstwa i świętości. Śmierć nie pozwoliła mu zrealizować innego cichego pragnienia - wyjazdu na Sachalin do pracy misyjnej wśród katorżników.

Proces beatyfikacyjny o. Jana Beyzyma SJ - "posługacza trędowatych" - rozpoczął się w 1984 roku. Dekret Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych dotyczący heroiczności życia i cnót o. Beyzyma został odczytany w obecności św. Jana Pawła II w Watykanie 21 grudnia 1992 roku. W marcu 2002 r. kard. Macharski zamknął dochodzenie kanoniczne w sprawie cudownego uzdrowienia młodego mężczyzny za wstawiennictwem Jana Beyzyma. Jego beatyfikacji dokonał podczas swej ostatniej pielgrzymki do Polski św. Jan Paweł II. Na krakowskich Błoniach 18 sierpnia 2002 r. mówił on m.in.:

Pragnienie niesienia miłosierdzia najbardziej potrzebującym zaprowadziło błogosławionego Jana Beyzyma - jezuitę, wielkiego misjonarza - na daleki Madagaskar, gdzie z miłości do Chrystusa poświęcił swoje życie trędowatym. Służył dniem i nocą tym, którzy byli niejako wyrzuceni poza nawias życia społecznego. Przez swoje czyny miłosierdzia wobec ludzi opuszczonych i wzgardzonych dawał niezwykłe świadectwo Ewangelii. Najwcześniej odczytał je Kraków, a potem cały kraj i emigracja. Zbierano fundusze na budowę na Madagaskarze szpitala pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej, który istnieje do dziś. Jednym z promotorów tej pomocy był św. Brat Albert.
Dobroczynna działalność błogosławionego Jana Beyzyma była wpisana w jego podstawową misję: niesienie Ewangelii tym, którzy jej nie znają. Oto największy dar: dar miłosierdzia - prowadzić ludzi do Chrystusa, pozwolić im poznać i zakosztować Jego miłości. Proszę was zatem, módlcie się, aby w Kościele w Polsce rodziły się coraz liczniejsze powołania misyjne. W duchu miłosierdzia nieustannie wspierajcie misjonarzy pomocą i modlitwą.