Antoni urodził się w Cremonie (Lombardia we Włoszech) w grudniu 1502 r. W kilka miesięcy po urodzeniu stracił ojca (Lazzaro). Pozostał jedynie pod czułą opieką matki, Antoniny Pescaroli, która owdowiała mając zaledwie 18 lat. Po ukończeniu miejscowych szkół Antoni udał się do Padwy, gdzie studia medyczne uwieńczył doktoratem (1520-1524). Studiował tam także filozofię. Potem powrócił do Cremony i jako człowiek świecki zajął się katechizacją ubogiej młodzieży przy kościele św. Witalisa, który stał obok rodzinnego pałacu Zaccariów. Równocześnie pracował intensywnie nad własnym uświęceniem. Pod kierunkiem dominikanów podjął studia teologiczne. Zajął się biblistyką, patrologią i zgłębianiem pism doktorów Kościoła, a szczególnie św. Tomasza z Akwinu.
W roku 1528 (lub w styczniu 1529 r.) przyjął święcenia kapłańskie. Nadal pozostawał w bliskim kontakcie z dominikanami. Z tego zakonu wybrał swojego nowego kierownika duchowego - Fra Battistę Carioni da Crema (zaprzyjaźnionego z Gerolamo Savonarolą). Z nim i z poznaną przez niego hrabiną Ludovicą Torelli w 1531 r. udał się do Mediolanu i dołączył do oratorium "Wiecznej Mądrości", które założyła przy klasztorze sióstr augustianek Archangela Panigarola. Po jej śmierci bractwo zaczęło upadać. Pod kierunkiem Antoniego nabrało ono nowego rozmachu. Co więcej, przerodziło się w trzy rodziny zakonne, które poświęcił on św. Pawłowi Apostołowi: "Synowie św. Pawła", zatwierdzeni przez Rzym pod nazwą "Kleryków Regularnych św. Pawła Ściętego"; zakon żeński "Aniołów św. Pawła Nawróconego" i ludzi świeckich - "Mężów Pobożnych św. Pawła". Największą sławą okrył Antoniego zakon męski, który od kościoła św. Barnaby, przy którym się zawiązał, otrzymał popularną nazwę barnabitów. Zakon zatwierdził papież Klemens VII w 1535 roku. Zakon żeński otrzymał zatwierdzenie od papieża Pawła III w 1543 roku. Siostry zwano popularnie barnabitkami. Związek trzeci, który można by nazwać III zakonem barnabitów, czy raczej tercjarzami, miał za zadanie mobilizować ludzi świeckich, żyjących w rodzinach, do akcji apostolskich. Na tamte czasy wspólnota składająca się z zakonników, zakonnic i ludzi świeckich była czymś bardzo nowatorskim i nie była powszechnie akceptowana.
Następne lata Antoni spędził w Mediolanie, gdzie zakładał domy swoich instytucji. Wspierał go biskup Mediolanu, św. Karol Boromeusz, z którym napisał regułę dla swojego zgromadzenia. Aby zachęcić ludność Mediolanu do nawrócenia, zorganizował akt publicznej pokuty. Na czele pokutników szli jego duchowi synowie i córki. To podziałało pozytywnie na lud, który licznie włączał się do tej praktyki publicznego zadośćuczynienia Panu Bogu za masowe odstępstwa od wiary. Znaleźli się jednak tacy, którzy upatrywali w tej praktyce wynaturzenie ascezy chrześcijańskiej, a nawet objawy herezji. Odbyły się w Rzymie dwa procesy (1534-1535 i 1537), z których Antoni wyszedł obronną ręką.

Święty Antoni Maria Zaccari Dla ożywienia ducha religijnego Antoni wprowadził praktykę "15 piątków". Na dźwięk dzwonów o godzinie, w której Pan Jezus poniósł śmierć, w kościołach zbierał się lud. Tam odbywało się nabożeństwo z kazaniem pasyjnym. Pragnieniem Antoniego było, aby wiernym stale przypominać, jaką ceną zostali odkupieni, i aby według tego kształtowali swoje życie chrześcijańskie. Dlatego też nabożeństwa te były połączone ze spowiedzią. Antoni wyróżniał się także szczególnym nabożeństwem do Eucharystii. Wbrew przyjętemu i zakorzenionemu wtedy zwyczajowi zachęcał wiernych do częstej, a nawet codziennej Komunii świętej. Była to nowość bardzo śmiała, gdyż w tamtych czasach Komunię świętą przyjmowaną co tydzień ganiono jako zbyt częstą. Antoniemu przypisuje się również wprowadzenie 40-godzinnego nabożeństwa adoracji Najświętszego Sakramentu, wystawionego w monstrancji.
Wyniszczony pracą apostolską, zmarł w Cremonie, w domu swojej matki, 5 lipca 1539 r., w wieku zaledwie 37 lat. Jego ciało pochowano w Mediolanie w kościele św. Pawła, należącym do barnabitów. W roku 1891 przeniesiono je do kościoła św. Barnaby. Do dziś gromadzi się przy jego grobie wielu pielgrzymów. Kanonizacja Antoniego odbyła się dopiero 27 maja 1897 roku. Dokonał jej papież Leon XIII.

W ikonografii św. Antoni przedstawiany jest m.in. w towarzystwie św. Pawła Apostoła, do którego miał szczególne nabożeństwo. Bywa ukazywany z monstrancją w ręku. Niekiedy trzyma krzyż (jako wielki czciciel Męki Pańskiej) albo lilię, ponieważ nazywano go "aniołem w ludzkim ciele". Atrybuty: hostia, kielich, lilia.