Klemens urodził się 26 grudnia 1751 roku na Morawach w Tasovicach w licznej czeskiej, choć zniemczonej rodzinie rzeźnika. Na chrzcie otrzymał imię św. Jana Apostoła. Gdy miał 7 lat, zmarł jego ojciec. Matka potrafiła nie tylko zapewnić dwunastce dzieci utrzymanie, ale przede wszystkim głębokie wychowanie religijne. Jego ojciec nazywał się Dvorak, ale gdy z Budziejowic Czeskich przeniósł się do miejscowości, gdzie istniała silna kolonia niemiecka, zaczął używać niemieckiego odpowiednika Hofbauer. Ponieważ ubóstwo matki nie pozwoliło Janowi się kształcić, podjął pracę jako piekarz. Nie miał wszakże spokoju: nurtowało go bowiem pragnienie poświęcenia się na służbę Bożą. Dlatego za oszczędzony grosz wraz ze swoim przyjacielem, Piotrem Kunzmannem, udał się do Rzymu, a potem do Tivoli, gdzie wstąpił do eremitów. Nie czuł się tam jednak dobrze. Gnał go żar pracy apostolskiej. Dlatego wystąpił z eremu i wrócił do kraju. W klasztorze norbertanów w Klosterbruck chodził do gimnazjum, a równocześnie służył w klasztorze, by w ten sposób opłacić swoją naukę i utrzymanie. Na nowo podjął też pracę piekarza. Codziennie uczestniczył we Mszy świętej i pobożnie do niej służył. To zwróciło uwagę na niego pewnych pań, które pomogły mu poświęcić się studiom wyższym na uniwersytecie wiedeńskim.
W Rzymie zetknął się z niedawno założonym przez św. Alfonsa Marię Liguoriego zakonem redemptorystów, do którego wstąpił. Przyjął wówczas imiona Klemens Maria. Ponieważ miał już ukończone studia teologiczne, zaraz po złożeniu ślubów zakonnych otrzymał święcenia kapłańskie (1785). Miał już wtedy 34 lata. Jako neoprezbiter został wysłany do Wiednia, a następnie na Pomorze. Zatrzymał się na jakiś czas w Warszawie. Chwilowy postój przemienił się w pobyt trwający 21 lat (1787-1808).
Klemens przybył do Warszawy z dwoma przyjaciółmi: z o. Hublem i bratem Kunzmannem. Ze względu na złe drogi i panującą jeszcze zimę nuncjusz papieski polecił gościom pozostanie w stolicy przez pewien czas. Biskup poznański, do którego należała wówczas Warszawa, powierzył im opiekę nad kościołem św. Benona w Warszawie. Był on przeznaczony dla katolików niemieckich. Polecono również Klemensowi czasową opiekę nad kościołem pojezuickim przy katedrze, gdyż po kasacie tego zakonu (1773) kościół niszczał. Redemptorystom oddano równocześnie pod opiekę dom sierot i szkołę rodzin rzemieślniczych. Na audiencji u króla Stanisława Augusta Poniatowskiego Klemens otrzymał zapewnienie pomocy materialnej. Podobną pomoc zadeklarowała Komisja Edukacji Narodowej, a także sejm w Grodnie. Skoro zaś dzieło zostało rozpoczęte, trzeba je było dalej prowadzić. W taki to sposób Klemens pozostał już w Warszawie.

Utrzymanie kościołów, sierocińca, internatu i szkoły wymagało znacznych środków. Czasami Klemens musiał żebrać, aby zdobyć niezbędne środki. Zachowała się historia o tym, jak pewnego dnia zaszedł po prośbie do karczmy. Kiedy zwrócił się o datek do grających w karty, jeden z graczy uderzył go w twarz, na co Święty odpowiedział: «To dla mnie, a co dla moich sierot?» Skruszeni kompani oddali całą wygraną. Prowadził działalność charytatywną, opiekował się służącymi - których było wtedy w stolicy około 11 tysięcy. Uruchomił drukarnię i wydawnictwo książek religijnych oraz stowarzyszenie dla pogłębiania wiedzy religijnej. W ten sposób powstała pierwsza placówka jego zakonu w Polsce. Był wybitnym kaznodzieją.
Dla zapewnienia trwałości rozpoczętego dzieła Klemens rekrutował z chłopców przyszłych redemptorystów. Oddawał ich do szkół gimnazjalnych, a potem sam uczył ich filozofii i teologii aż do święceń kapłańskich. Po 8 latach miał 7 kapłanów. Założył także nowicjat. W roku 1803 miał już 18 kapłanów, a w roku 1808 łączna liczba redemptorystów wyniosła 36. Władze zakonu, widząc błogosławione owoce jego pracy, mianowały Klemensa wikariuszem generalnym na tereny na północ od Alp, zezwalając mu na dużą swobodę w działaniu.
Gdy po III rozbiorze Polski Warszawa znalazła się pod okupacją Prus, zaczęły się prześladowania. Daremnie Klemens słał memoriały do króla Fryderyka II, wykazując, że do szkoły elementarnej chodzi 256 chłopców i 187 dziewcząt; że jest to jedyna w Warszawie szkoła dla dziewcząt; że dzieci są ubogie i korzystają z nauki bezpłatnie; że wiele wśród nich jest bezdomnych sierot, które także z internatu korzystają bezpłatnie. Nic nie pomogło. Nadszedł dekret likwidacji szkoły.
Napoleon na wniosek marszałka Davouta podpisał wyrok, skazujący redemptorystów, zwanych także benonitami (od kościoła św. Benona), na wywiezienie ich do twierdzy w Kostrzyniu nad Odrą. Działo się to 20 czerwca 1808 roku. Tam po miesiącu uwolniono redemptorystów, ale nie pozwolono im wracać do Polski. W tej sytuacji Klemens udał się do Wiednia. Osiadł przy kościele sióstr urszulanek. Był niezmordowany w konfesjonale i na ambonie. Otoczył opieką młodzież, zwłaszcza uczęszczającą na uniwersytet, chętnie ją wspomagał duchowo i materialnie. Zdołał skupić koło siebie grupę inteligencji wiedeńskiej i przez nią rozwinąć zbawczy wpływ na innych. Oni to przyczynili się do odrodzenia religijnego w Austrii.
Zmarł w opinii świętości 15 marca 1820 roku. Jego pogrzeb był prawdziwą manifestacją w Wiedniu. W roku 1848 rewolucja skasowała redemptorystów w Austrii. Uległo wówczas zniszczeniu archiwum prowincji zakonu z bezcennymi dokumentami, dotyczącymi działalności Klemensa. W roku 1862 odbyła się ekshumacja i przeniesienie jego śmiertelnych szczątków z cmentarza komunalnego do kościoła redemptorystów. W roku 1888 papież Leon XIII wyniósł sługę Bożego do chwały błogosławionych, a w roku 1904 papież św. Pius X wpisał go uroczyście do katalogu świętych. Ze względu na to, że św. Klemens spędził 21 najpiękniejszych swoich lat w Warszawie, Episkopat Polski włączył go do katalogu świętych polskich. Jest jednym z patronów Warszawy, a także kelnerów i piekarzy.

W ikonografii św. Klemens przedstawiany jest w habicie. Jego atrybutem jest krzyż.