Katedrę toruńską zaczęto budować w II połowie XIII w. Prawdopodobnie pod koniec XIII stulecia przystąpiono do wznoszenia trójnawowego korpusu kościoła. Początkowo kościół był niższy i węższy od obecnego. Wiek XIV i XV to okres dalszej rozbudowy kościoła, przerwanej na krótko pożarem, który zniszczył część świątyni w roku 1351. W roku 1406 runęła kościelna wieża; niezwłocznie przystąpiono do budowy nowej, a prace przy budowie prowadził do roku 1433 mistrz Jan Gotland. Wiek XV ukształtował ostatecznie bryłę kościoła, która imponuje swymi rozmiarami i bogactwem dekoracji. W okresie niemal 800 letniej historii kościoła zmienne były jego losy. W latach 1530-1583 fara służyła protestantom, przez następne 13 lat użytkowana była wspólnie, zarówno przez katolików, jak i protestantów. W roku 1596 kościół przejęli jezuici i w ich posiadaniu świątynia była do roku 1772. Od tego roku staromiejska fara pod wezwaniem świętych Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty ponownie stała się kościołem parafialnym Starego Miasta Torunia, służąc jego mieszkańcom do czasów obecnych.

Diecezja toruńska została erygowana w dniu 25 marca 1992 r. w wyniku reorganizacji diecezji i prowincji kościelnych w Polsce dokonanej przez papieża św. Jana Pawła II bullą Totus Tuus Poloniae Populus. Nowa diecezja swym zasięgiem terytorialnym nawiązała do pierwotnych granic diecezji chełmińskiej, ustanowionej 29 lipca 1243 r. i obejmującej ziemie: chełmińską, lubawską i michałowską. Na mocy nowego podziału diecezja weszła w skład metropolii gdańskiej.

bp Andrzej Suski, ordynariusz toruński Ordynariuszem diecezji toruńskiej jest bp Andrzej Suski. Pomaga mu bp Józef Szamocki. Patronami diecezji są NMP Nieustającej Pomocy oraz bł. Wincenty Frelichowski. Na terenie diecezji (ok. 5,5 tys. km kwadratowych), zamieszkanym przez ok. 630 tys. osób, w blisko 200 parafiach podzielonych na 24 dekanaty pracuje ponad 400 księży diecezjalnych i blisko 100 zakonnych.

7 czerwca 1999 r. diecezję toruńską nawiedził św. Jan Paweł II. Podczas nabożeństwa czerwcowego dokonał on beatyfikacji ks. Wincentego Frelichowskiego. Mówił wówczas m.in.:

Bez wewnętrznej odnowy i bez pokonania zła i grzechu w sercu, a zwłaszcza bez miłości, człowiek nie zdobędzie wewnętrznego pokoju. Pokój może przetrwać tylko wówczas, gdy jest zakorzeniony w wyższych wartościach, oparty na normach moralnych i otwarty na Boga. Nie może się natomiast ostać, jeśli został wzniesiony na grząskim gruncie religijnej obojętności i płytkiego pragmatyzmu. Rodzi się on w sercu ludzkim i w życiu społeczeństwa z ładu moralnego, porządku etycznego, zachowania Bożych przykazań. Historia i współczesność pokazują, że świat nie może dać pokoju. Świat jest bezradny. Dlatego trzeba mu wskazywać Jezusa Chrystusa, który przez śmierć na krzyżu zostawił ludziom swój pokój, zapewniając nam swą obecność przez wszystkie wieki (por. J 14, 27-31). Ileż niewinnej krwi zostało przelanej w dwudziestym wieku w Europie i na całym świecie, ponieważ różne systemy polityczne i społeczne odeszły od Chrystusowych zasad gwarantujących sprawiedliwy pokój. Ile krwi niewinnej przelewa się na naszych oczach. Ostatnie miesiące pokazały to w sposób dramatyczny. Jesteśmy świadkami, jak bardzo ludzie domagają się i pragną pokoju. Mówię te słowa na tej ziemi, która doświadczyła w swojej historii tragicznych skutków braku pokoju, stając się ofiarą okrutnych i niszczycielskich wojen. Pamięć drugiej wojny światowej jest wciąż żywa, rany tego kataklizmu dziejowego długo nie będą całkowicie zabliźnione. Niech wołanie o pokój z tego miejsca dotrze do wszystkich na całym świecie.