Archikatedra św. Jana Chrzciciela to najstarszy kościół w Warszawie, od 1339 roku znany jako parafialny, w latach 1402-1406 podniesiony do godności kolegiaty, od 1797 roku katedra, od 1818 archikatedra. Świątynia była świadkiem wielu wydarzeń historycznych. W 1637 r. odbyła się tu pierwsza koronacja królewska - Cecylii Austriaczki, żony Władysława IV, a w 1660 r. po raz pierwszy król przekazał nominację papieską i kapelusz kardynalski, który wówczas otrzymał nuncjusz Piotr Vidoni. Z kolei Jan III Sobieski po powrocie spod Wiednia zawiesił w tej świątyni chorągiew Mahometa i ufundował stalle kanonickie, co mają potwierdzać zawieszone nad nimi herby. Dopiero w 1705 r. po raz pierwszy koronowano tutaj króla polskiego, a w roku 1764 odbyła się koronacja ostatniego króla Polski - Stanisława Augusta Poniatowskiego. W kościele św. Jana odczytana została ustawa sejmowa powołująca Komisję Edukacji Narodowej, a także odbyło się uroczyste dziękczynienie za Konstytucję 3 Maja.
W latach 1836-1840 katedra przebudowana została według projektu Adama Idźkowskiego w stylu gotyku angielskiego. W październiku 1919 r. kardynał Kakowski udzielił w katedrze święceń biskupich ówczesnemu nuncjuszowi apostolskiemu Achillesowi Rattiemu, późniejszemu papieżowi Piusowi XI. We wrześniu 1939 roku w Archikatedrze uszkodzone zostało sklepienie i spalony dach, w sierpniu 1944 r. uległa poważnemu zniszczeniu, zaś w listopadzie 1944 roku - została całkowicie zburzona. W latach 1948-1956 odbudowano ją według projektu J. Zachwatowicza. Kościół został konsekrowany przez kardynała Stefana Wyszyńskiego - w imieniu papieża Jana XXIII - w dniu 9 czerwca 1960 r., a pół roku później otrzymał decyzją papieża tytuł bazyliki mniejszej. W podziemiach Archikatedry spoczywają arcybiskupi warszawscy, pierwszy prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Gabriel Narutowicz, premier Rzeczypospolitej Polskiej oraz kompozytor i pianista Ignacy Jan Paderewski, laureat nagrody Nobla Henryk Sienkiewicz. W kaplicy-mauzoleum złożono ciało Prymasa Tysiąclecia, kardynała Stefana Wyszyńskiego, oraz jego następcy na stolicy biskupiej w Warszawie i urzędzie prymasowskim, kard. Józefa Glempa. Ponadto w katedrze znajdują się relikwie św. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego,

Obecny kształt archidiecezji warszawskiej - po wielu wcześniejszych zmianach - jest wynikiem bulli św. Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae Populus. Nastąpiło wówczas oddzielenie metropolii gnieźnieńskiej od warszawskiej oraz podział archidiecezji na diecezje: warszawsko-praską, łowicką i archidiecezję warszawską. W archidiecezji znalazło się około 1,5 mln mieszkańców, z tego 95% przyznaje się do katolicyzmu. Archidiecezja podzielona jest na 25 dekanatów, liczy 212 parafii. Pracuje w niej ponad 750 kapłanów diecezjalnych i prawie 500 zakonnych. Na czele archidiecezji stoi kard. Kazimierz Nycz. Oprócz niego w archidiecezji pracują także biskupi pomocniczy: Rafał Markowski, Józef Górzyński i Piotr Jarecki oraz biskup senior Marian Duś. Seniorem tej archidiecezji jest także abp Stanisław Wielgus. Patronami archidiecezji są św. Stanisław ze Szczepanowa oraz św. Stanisław Kostka. Patronem metropolii warszawskiej jest ponadto św. Andrzej Bobola. Do grona patronów Warszawy należą Najświętsza Maryja Panna Łaskawa oraz bł. Władysław z Gielniowa.
Na terenie archidiecezji warszawskiej znajduje się także katedra polowa Wojska Polskiego (przy ul. Długiej). W Warszawie istnieją dwa seminaria duchowne: Wyższe Metropolitalne Seminarium Duchowne oraz Archidiecezjalne Seminarium Misyjne Redemptoris Mater. Oprócz tego w Warszawie działa Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego (z Wydziałem Teologicznym) oraz Papieski Wydział Teologiczny (sekcja "Bobolanum" oraz sekcja św. Jana Chrzciciela). W Warszawie swą siedzibę ma także Konferencja Episkopatu Polski. W latach 1998-2003 odbywał się IV Synod Archidiecezji Warszawskiej, zakończony promulgowaniem dokumentów synodalnych przez kard. Józefa Glempa, ówczesnego arcybiskupa metropolitę warszawskiego.
Z uwagi na jej stołeczny charakter archidiecezję warszawską wielokrotnie nawiedzał św. Jan Paweł II. To od Warszawy rozpoczęła się jego pierwsza pielgrzymka do Ojczyzny. 2 czerwca 1979 r. na placu Zwycięstwa w Warszawie Papież-Polak wypowiedział prorocze słowa:

I wołam, ja, syn polskiej ziemi, a zarazem ja: Jan Paweł II, papież, wołam z całej głębi tego tysiąclecia, wołam w przeddzień święta Zesłania, wołam wraz z wami wszystkimi: Niech zstąpi Duch Twój! Niech zstąpi Duch Twój! I odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi!

Podczas kolejnej pielgrzymki w czerwcu 1983 r. św. Jan Paweł II odprawił Mszę św. na Stadionie Dziesięciolecia i nawiedził archikatedrę warszawską. Modlił się wtedy szczególnie za zmarłego dwa lata wcześniej kard. Stefana Wyszyńskiego, Prymasa Tysiąclecia:

Pierwszy etap mojej pielgrzymki (...) prowadzi do katedry warszawskiej, do grobu wielkiego Prymasa Tysiąclecia, kardynała Stefana Wyszyńskiego. Nie mogłem przybyć do Warszawy na jego pogrzeb w dniu 31 maja 1981 roku z powodu zamachu na moje życie w dniu 13 maja, co spowodowało kilkumiesięczny pobyt w szpitalu. Kiedy dzisiaj dane mi jest przybyć do Ojczyzny, pierwsze moje kroki skierowuję do jego grobu. I staję przy ołtarzu archikatedry świętego Jana, aby pierwszą Mszę świętą na polskiej ziemi odprawić za niego. Odprawiam ją za duszę śp. Stefana kardynała, ale łączę tę Najświętszą Ofiarę z głębokim dziękczynieniem. Dziękuję Bożej Opatrzności za to, że w trudnym okresie naszych dziejów, po drugiej wojnie światowej, na przełomie pierwszego i drugiego tysiąclecia, dała nam tego Prymasa, tego męża Bożego, tego miłośnika Jasnogórskiej Bogarodzicy, tego nieustraszonego sługę Kościoła i Ojczyzny. (...) Dziś pragnę wspólnie z wami (...) podziękować za tę wieloletnią, opatrznościową służbę Stefana kardynała Wyszyńskiego, Prymasa Polski. Służył człowiekowi i narodowi. Służył Kościołowi i światu - służąc Chrystusowi przez Maryję. W swoim służeniu i posługiwaniu wzorował się na Tej, która - w momencie najwyższego Boskiego wybrania - nazwała siebie służebnicą Pańską (por. Łk 1, 38). Z tego służenia i posługiwania zmarły Prymas uczynił główną siłę swego pasterzowania. Był mocny służbą - służbą świadomą posłannictwa zleconego mu przez Księcia pasterzy. Był mocny służbą - i tą swoją prymasowską służbą czynił mocnym Kościół i naród pośród dziejowych prób i doświadczeń.

W 1987 r. św. Jan Paweł II odwiedził Warszawę dwukrotnie - na rozpoczęcie pielgrzymki (zainaugurował wówczas II Krajowy Kongres Eucharystyczny) i na jej zakończenie (podczas Mszy św. zakończył Kongres i beatyfikował Michała Kozala).
W czerwcu 1991 r. św. Jan Paweł II otworzył w Warszawie II Ogólnopolski Synod Plenarny i beatyfikował Rafała Chylińskiego. Mówił wtedy m.in.:

"Będziesz miłował Pana, Boga swego, całym swoim sercem, całą swoją duszą, całym swoim umysłem i całą swoją mocą (...), a bliźniego swego jak siebie samego". To największe przykazanie jest jedno i jest zarazem dwoiste: obejmuje Boga i ludzi, a wśród ludzi - bliźnich i siebie samego. W ten sposób Bóg spotyka się w tym przykazaniu ze swym obrazem i podobieństwem, którym jest każdy człowiek. Dobrze, iż wypada nam to podstawowe przykazanie rozważyć właśnie w Warszawie, w stolicy Polski, która od stuleci była widownią wielkich wydarzeń w dziejach narodu. Tu, w Warszawie - wtedy było to pod Warszawą, na terenie dzielnicy o nazwie Wola - dokonywano elekcji królów polskich. Poprzez elekcje ujawniała się suwerenna wola społeczeństwa; było to społeczeństwo szlacheckie, bo tylko ono miało czynne prawo wyborcze w ówczesnej Rzeczypospolitej. Tak więc poprzez wieki Wola - miejscowość - była sprawdzianem woli narodu, ludzkiej wolnej woli w akcie wyboru i decyzji o zasadniczym znaczeniu dla dobra wspólnego Rzeczypospolitej trzech narodów.
Przykazanie miłości ma w Ewangelii także swój wymiar społeczny. Mówi Chrystus: "To jest moje przykazanie, abyście się wzajemnie miłowali", abyście się społecznie miłowali. W każdym swoim wymiarze przykazanie miłości jest odniesione do ludzkiej woli, która jest wolna. Człowiek, kierując się światłem rozumu, czyli sądem sumienia, wybiera, a w ten sposób rozstrzyga i stanowi o sobie. Nadaje kształt swym uczynkom. Przykazanie miłości jest skierowane do wolnej woli, od niej bowiem zależy, czy człowiek nada swym uczynkom, swemu postępowaniu, kształt miłości lub też inny kształt, miłości przeciwny. Może to być kształt egoizmu, kształt obojętności na potrzeby drugiego, obojętności na dobro wspólne. Może to być wreszcie kształt nienawiści czy zdrady - wbrew temu, czego uczy Chrystus: "Miłujcie waszych nieprzyjaciół".
W ciągu dziejów Warszawa była widownią różnych wyborów i różnych decyzji. W wielu zapewne odzwierciedlała się miłość społeczna, miłość ojczyzny pośród jej wielorakich potrzeb. Ale było także inaczej. Trzeba nam na tym miejscu rozpamiętywać wielkość woli, ale także i jej małość, samolubstwo i interesowność, sprzedajność wreszcie i podeptanie wspólnej sprawy.

Po raz ostatni św. Jan Paweł II odwiedził Warszawę w 1999 r. Spotkał się wtedy w Sejmie z parlamentarzystami i władzami państwowymi, a na Placu Piłsudskiego dokonał beatyfikacji Reginy Protmann, Edmunda Bojanowskiego i 108 polskich męczenników II wojny światowej. Wspominał wówczas:

Gdy podczas mej pierwszej pielgrzymki do Ojczyzny stałem na tym miejscu, cisnęła się na myśl modlitwa Psalmisty: "Pamiętaj o nas, Panie, gdyż masz upodobanie w swym ludzie. Przyjdź nam z pomocą, abyśmy ujrzeli szczęście Twych wybranych, radowali się radością Twojego ludu, chlubili się razem z Twoim dziedzictwem" (Ps 106, 4–5). Dziś, gdy patrzymy [o dwadzieścia lat] wstecz, na to ostatnie dwudziestolecie naszego wieku, przypomina się wezwanie z tego samego Psalmu: "Chwalcie Pana, bo dobry, bo na wieki Jego łaskawość. Któż opowie dzieła potęgi Pana, ogłosi wszystkie Jego pochwały? Błogosławiony Pan (...) od wieków na wieki!" (Ps 106, 1-2. 48).

Również papież Benedykt XVI nawiedził Warszawę podczas swojej pielgrzymki do Polski w 2006 r. W archikatedrze warszawskiej spotkał się z duchowieństwem, a na Placu Piłsudskiego odprawił uroczystą Mszę św. W pamięci zapisały się m.in. te jego słowa skierowane do kapłanów:

Wierni oczekują od kapłanów tylko jednego: aby byli specjalistami od spotkania człowieka z Bogiem. Nie wymaga się od księdza, by był ekspertem w sprawach ekonomii, budownictwa czy polityki. Oczekuje się od niego, by był ekspertem w dziedzinie życia duchowego. Dlatego, gdy młody kapłan stawia swoje pierwsze kroki, potrzebuje u swego boku poważnego mistrza, który mu pomoże, by nie zagubił się pośród propozycji kultury chwili. Aby przeciwstawić się pokusom relatywizmu i permisywizmu nie jest wcale konieczne, aby kapłan był zorientowany we wszystkich aktualnych, zmiennych trendach; wierni oczekują od niego, że będzie raczej świadkiem odwiecznej mądrości, płynącej z objawionego Słowa.