Pierwszy kościół parafialny, najpewniej drewniany, istniał w Świdnicy już co najmniej w 1250 r. Jeszcze pod koniec XIII w. rozpoczęto budowę nowego, murowanego kościoła. Dowodzą tego listy odpustowe z lat 1288-1303, które nawołują wiernych, aby wspomogli według swoich możliwości i sił budowę kościoła. Z dokumentów tych wynika, że już wówczas patronami koscioła farnego byli męczennicy: św. Wacław i św. Stanisław. Wyposażenie świątyni było bardzo skromne, stanowił je tylko ołtarz główny oraz ołtarz św. Jana, ufundowany przez Kunigunde de Amore.

Bardzo szybko, bo już po kilkunastu latach kościół stał się jednak za mały dla szybko rozwijającego się miasta i rozrastającej się parafii. Stąd też postanowiono wybudować nową świątynie. Jej wznoszenie (obecnie istniejący kościół) rozpoczęto według tradycji w 1330 roku, za panowania księcia świdnicko - jaworskiego Bolka II Małego. Książę ten miał być również jej fundatorem, jednak nie jest to udokumentowane. Wiąże się to zapewne z ambicjami księcia oraz tutejszych mieszczan zamieszkujących stołeczną Świdnicę. Dzięki hojności bogatych mieszkańców, których rola była w tym względzie szczególnie ważna po śmierci Bolka II w 1368 r., oraz pielgrzymów odwiedzających Świdnicę można było szybko kontynuować wznoszenie świątyni. Budowano ją jako bazylikę, to znaczy jej nawa środkowa jest wyższa od bocznych, zaś okna umieszczone w ścianach nawy środkowej, wychodzą powyżej dachów naw.

Znani są z XIV w. niektórzy budowniczowie kościoła, np. w 1385 r. w dokumencie jest wymieniony strycharz Apecz. W tym samym roku nawa główna świątyni była już gotowa, a nawy boczne i prezbiterium otrzymały sklepienia.Wydaje się jednak, że właściwym budowniczym świątyni był słynny świdniczanin Jakub, który budował kościół farny w Strzegomiu. Nadzór nad pracami sprawował zamieszkały w Świdnicy bogaty patrycjusz Nikolaus Lwe. Parafia świdnicka obejmowała również niektóre okoliczne wsie: Kleczków, Schreibendorf, Jakubowice, Witoszów, Jagodnik i Bystrzycę Polską (obecnie Dolną).
W tym okresie przy kościele znajdował się cmentarz. Jeszcze w XIV i XV w. przy nawach bocznych wybudowano kaplice. Były one fundowane przez bogatych mieszczan, bractwa religijne oraz cechy. Już u schyłku XIV w. planowano wybudowanie dwóch wież. Około 1400 r. rozpoczęto wznoszenie pierwszej z nich, południowej i tylko tę jedną zrealizowano w pełni. Obecnie jest ona najwyższą na Śląsku (ok. 103 m) i drugą co do wysokości w Polsce, po wieży kościoła na Jasnej Górze w Częstochowie.

W kronikach jako budowniczy tej wieży wymieniany jest murarz i kamieniarz Peter Zehin. Tragiczną datą w dziejach kościoła był rok 1532. Wówczas to wójt świdnicki Franz Glogisch wraz z synem wszedł na wieżę i lekkomyślnie odpalił działko stojące na niej. Znajdujące się w lufie szmaty płonąc opadły na gontowy dach kaplicy kramarzy i spowodowały wielki pożar. Zawaliło się wówczas m.in. sklepienie nawy środkowej, część fasady oraz uległo spaleniu większość ołtarzy, dziewięć dzwonów i dwa zegary. Za swój lekkomyślny czyn Glogisch został w okrutny sposób ukarany. Pomimo, że uciekł do Nysy, świdniczanie dopadli go tam i zatłukli na śmierć pałkami. W 1535 r. fasadę i sklepienie odbudowano, jednak to ostatnie obniżono o około 6 m. Prace te kosztowały 30 000 guldenów.

Już w początkach reformacji cała ludność Świdnicy przyjęła protestantyzm w luterańskiej postaci. Rada miejska przeciwstawiała się obsadzaniu stanowiska proboszcza przez biskupa wrocławskiego i angażowała ewangelickich duchownych. Od 1535 r. komunia święta było przyjmowana pod obiema postaciami, zarzucono też spowiedź uszną i celibat księży. W 1561 r. kościół parafialny przeszedł w ręce ewangelików i stał się główną świątynią ewangelicką w mieście. Dnia 3 czerwca 1583 r. starszy dzwonnik Paul Faber z Davidem Stollem z Lutomi, który potrafił robić zegary słoneczne, postanowili taki umieścić na zachodniej ścianie wieży. Kazali się wciągać w drewnianej skrzyni, zanim jednak jeszcze osiągnęli połowę jej wysokości pękła lina. Obydwaj nieszczęśnicy ponieśli śmierć na miejscu. W tym samym roku 15 września Świdnica przeżyła trzęsienie ziemi.
W czasie wojny trzydziestoletniej kościół został oddany w ręce Towarzystwa Jezusowego. Z końcem stycznia 1629 r. w poświęconym ponownie przez wrocławskiego biskupa pomocniczego Liescha von Hornau kościele zaczęto na nowo odprawiać msze katolickie. Potem, w zależności od tego jakie wojska stacjonowały w Świdnicy, świątynia była na zmianę użytkowana przez ewangelików i katolików, aż ostatecznie, gdy w 1644 r. miasto zajęły wojska cesarskie, kościół przekazano katolikom. W 1659 r. papież nakazał biskupowi, aby rozstrzygnął w sporze pomiędzy wrocławskimi klaryskami i jezuitami na rzecz tych ostatnich. Ostatecznie sprawę zakończono w 1660 r., kiedy to prawa patronackie do kościoła parafialnego przeszły na jezuitów za sumę 6600 guldenów. Po przejęciu parafii wybudowali oni gmach kolegium jezuickiego (1667 r.), szkołę oraz konwikt (internat). Przez 113 lat rektor kolegium jezuickiego był zarazem proboszczem kościoła pw. św. Stanisława i św. Wacława. Jezuici dokonali przebudowy wnętrza świątyni. Usunięto wówczas wiele epitafiów, płyt nagrobnych i dawnych ołtarzy oraz stworzono nowe barokowe wyposażenie.

Większość prac snycerskich wykonali artyści świdniccy: jezuita Johann Riedel (prawie całość prac) oraz Georg Leonhard Weber. Warto przy okazji dodać, że olbrzymie poddasze kościoła zostało zaadoptowane przez jezuitów na spichlerz zbożowy.
W 1740 r. na Śląsk wkroczyły wojska pruskie. Spowodowało to wybuch wojen, podczas których kościół znacznie ucierpiał. Prusacy urządzili w świątyni obóz jeniecki, a później magazyn zbożowy (w latach 1757 - 1772). Zniszczono wówczas prawie wszystkie konfesjonały i ławki, uszkodzono obrazy oraz ołtarze. Dopiero w 1773 r. kościół zwrócono do użytku sakralnego. Później jeszcze urządzono w nim (w latach 1778 - 1779) szpital wojskowy. Po kasacie Towarzystwa Jezusowego (na Śląsku dopiero w 1776 r.) jezuici świdniccy stali się księżmi diecezjalnymi podlegającymi władzy biskupa wrocławskiego. Ostatni rektor kolegium jezuickiego pozostał nadal proboszczem świdnickim. Dekretem królewskim wszystkie kościoły, kolegia i inne budynki pojezuickie stały się własnością państwa pruskiego.

Pod koniec XIX w., pomimo remontu przeprowadzonego w 1832 r., niezbędne stało się podjęcie gruntownej renowacji świdnickiej fary. Rozpoczęto ją za probostwa księdza Hugo Simona w 1893 r. Została ona zakończona w 1909 r. Odnowiono polichromię nawy głównej, odmalowano nawy boczne i kaplice oraz wzmocniono konstrukcyjnie korpus kościoła oraz wieżę. Renowacja kosztowała pół miliona marek w złocie i została sfinansowana przez rząd pruski, biskupa wrocławskiego i parafian. Podczas bombardowania Świdnicy przez samoloty Armii Czerwonej 11 lutego 1945 r. w plebanię trafiła bomba, nie czyniąc na szczęście większych szkód przylegającej świątyni. Na Tysiąclecie Chrztu Polski w 1966 r. odnowiono wnętrze kościoła, zaś w 1979 r. starą piaskowcową posadzkę zastąpiono nową granitową. W ostatnich latach przeprowadzono dalsze prace przy renowacji kościoła, m.in. częściowo odnowiono polichromię w kaplicy Matki Boskiej Świdnickiej oraz wymieniono pokrycie dachu.