Diecezja pelplińska powstała na mocy bulli św. Jana Pawła II Totus Tuus Poloniae Populus z 25 marca 1992 r. Wcześniej jej tereny znajdowały się w obrębie utworzonej w 1243 r. diecezji chełmżyńskiej. Od 1821 r. jej stolicą był Pelplin.
Katedrą diecezji jest bazylika pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, będąca częścią bardzo starego opactwa cystersów (datującego się na XIII w.). Opactwo to wzbudzało uznanie i podziw wielu ważnych osobistości, m.in. polskich władców, którzy w nim gościli: Zygmunta III Wazy wraz z królewiczem Władysławem, Jana III Sobieskiego z Marysieńką i królewiczem Jakubem oraz królowej Eleonory.

Najważniejszym wydarzeniem w dziejach diecezji pelplińskiej była wizyta św. Jana Pawła II w Pelplinie 6 czerwca 1999 r. Podczas odprawionej tam Mszy św. Ojciec Święty przypominał m.in.:

Długa jest tradycja słuchania słowa Bożego na tych ziemiach i długa jest tradycja świadectwa dawanego Słowu, które w Chrystusie stało się Ciałem. Idzie ona przez stulecia. W tę tradycję wpisuje się także nasz wiek. Wymownym i tragicznym symbolem tej ciągłości była tak zwana "pelplińska jesień", której 60-lecie przypada w tym roku. Wówczas, 24 mężnych kapłanów - duszpasterzy, profesorów seminarium duchownego i pracowników kurii biskupiej - okupiło swoją wierność posłudze Ewangelii ofiarą cierpienia i śmierci. A cały czas okupacji wydarł tej pelplińskiej ziemi 303 duszpasterzy. Za cenę własnego życia heroicznie nieśli Chrystusowe orędzie nadziei w dramatycznym okresie wojny i okupacji. Jeżeli dziś wspominamy tych kapłanów męczenników, to dlatego, że z ich ust nasze pokolenie słuchało Słowa Bożego i dzięki ich ofierze doświadczało i doświadcza Jego mocy.