Diecezja bydgoska powstała 24 lutego 2004 r. na mocy bulli św. Jana Pawła II. Wchodzi w skład metropolii gnieźnieńskiej. Jej ordynariuszem jest biskup Krzysztof Włodarczyk. Pomaga mu biskup senior Jan Tyrawa. W 153 parafiach, podzielonych na 19 dekanatów, pracuje ponad 290 księży diecezjalnych i ok. 40 kapłanów zakonnych. Patronami diecezji są Najświętsza Maryja Panna, Matka Pięknej Miłości, oraz bł. Michał Kozal.

Katedrą nowej diecezji został dotychczasowy kościół farny i konkatedra archidiecezji gnieźnieńskiej - pod wezwaniem świętych Mikołaja i Marcina w Bydgoszczy. Pierwsza świątynia w tym miejscu powstała w połowie XIV w. Obecna budowla pochodzi z drugiej połowy XV w. W XVIII w., wskutek wyludniania się miasta, kościół zaczął popadać w ruinę. Proces ten pogłębił się w okresie wojen napoleońskich, kiedy to wojska francuskie używały świątyni jako magazynu. W latach 1819-1830 przeprowadzono prace remontowe. Dopiero wówczas możliwe było wznowienie służby Bożej. W połowie XIX w. był on jedynym czynnym kościołem katolickim w mieście. W nim skupiało się nie tylko życie religijne bydgoszczan, ale również i narodowe - była to niemal jedyna ostoja przed germanizacją. Tę rolę fara pełniła aż do początków XX wieku.
W trakcie walk o wyzwolenie Bydgoszczy w styczniu 1945 r. pociski armat poważnie uszkodziły kościół farny. W ciągu kilku lat został on odbudowany. W 1982 r. decyzją arcybiskupa gnieźnieńskiego, ks. Prymasa Józefa Glempa, kościół stał się siedzibą wikariusza biskupiego dla Bydgoszczy, a więc konkatedrą archidiecezji.

 

Kościół katedralny jest jedynym w mieście sanktuarium maryjnym; początki kultu Matki Bożej odnotowane są już w końcu XV w. Kult ten związany był z umieszczonym w głównym ołtarzu obrazem Matki Bożej z Różą, zwanym też obrazem Matki Bożej Bydgoskiej. Wizerunek, ufundowany przez Stanisława Kościeleckiego, pochodzi z początku XVI w. Przedstawia Maryję w pozycji stojącej, z Dzieciątkiem Jezus na lewej ręce i z pąsową różą w prawej, nieco wzniesionej ku górze dłoni. U stóp Madonny znajduje się sierp księżyca rogami skierowany ku górze. W lewym dolnym narożniku widoczna jest zmniejszona postać klęczącego mężczyzny - donatora we wzorzystym płaszczu, z modlitewnie złożonymi rękami. Wokół klęczącej postaci wijąca się szarfa z napisem: "Mater Dei memento mei" (Matko Boża, pamiętaj o mnie). Rozwijający się kult Maryi przerwał wybuch II wojny światowej. Obraz, w obawie przed zniszczeniem, został wywieziony i ukryty. Jednak na skutek złych warunków uległ częściowemu zniszczeniu. Po konserwacji wrócił na dawne miejsce i został otoczony należnym mu kultem, którego najokazalszym przejawem była dokonana w dniu 29 maja 1966 r. koronacja wizerunku przez kard. Stefana Wyszyńskiego przy współudziale ówczesnego metropolity krakowskiego, kard. Karola Wojtyły.

W czasie przedostatniej pielgrzymki do Ojczyzny, w dniu 7 czerwca 1999 r., Mszę św. w Bydgoszczy odprawił papież św. Jan Paweł II. W homilii mówił wówczas m.in.:

Każdy chrześcijanin, który zjednoczył się z Chrystusem przez łaskę chrztu świętego, stał się członkiem Kościoła i "już nie należy do samego siebie" (por. 1 Kor 6, 19), ale do Tego, który za nas umarł i zmartwychwstał. Od tej chwili wchodzi w szczególny związek wspólnotowy z Chrystusem i z Jego Kościołem. Obowiązany jest zatem do wyznawania przed ludźmi wiary, którą otrzymał od Boga za pośrednictwem Kościoła. Jako chrześcijanie jesteśmy więc wezwani do dawania świadectwa Chrystusowi. Niekiedy wymaga to od człowieka wielkiej ofiary, którą trzeba składać codziennie, a czasem jest tak, że przez całe życie. To niezłomne trwanie przy Chrystusie i Jego Ewangelii, owa gotowość ponoszenia "cierpień dla sprawiedliwości" jest niejednokrotnie aktem heroizmu i może przybrać formy prawdziwego męczeństwa, dokonującego się w życiu człowieka każdego dnia i każdej chwili, kropla po kropli, aż do całkowitego "wykonało się".
Człowiek wierzący "cierpi dla sprawiedliwości", gdy w zamian za swoją wierność Bogu doświadcza upokorzeń, obrzucany jest obelgami, wyśmiewany w swoim środowisku, doznaje niezrozumienia nieraz nawet od najbliższych. Gdy naraża się na sprzeciw, niepopularność i inne przykre konsekwencje. Zawsze jednak gotowy do złożenia każdej ofiary, bo "trzeba bardziej słuchać Boga niż ludzi" (Dz 5, 29). Obok męczeństwa publicznego, które dokonuje się zewnętrznie, na oczach wielu, jakże często ma miejsce męczeństwo ukryte w tajnikach ludzkiego wnętrza; męczeństwo ciała i męczeństwo ducha. Męczeństwo naszego powołania i posłannictwa. Męczeństwo walki z sobą i przezwyciężania samego siebie. (...) Czyż nie stoi przed taką próbą matka, która podejmuje decyzję, by złożyć z siebie ofiarę, by ratować życie swego dziecka? (...) Czyż nie stoi przed taką próbą człowiek wierzący, który broni prawa do wolności religijnej i wolności sumienia?