Jan urodził się 24 czerwca 1386 r. w Capestrano. Pierwsze nauki pobierał w domu ojcowskim. Ojca było bowiem stać na utrzymanie nauczyciela, który pełnił równocześnie obowiązki guwernera. W latach 1405-1411 Jan studiował prawo na uniwersytecie w Perugii. Po ukończonych studiach pełnił urząd doradcy i kancelisty na dworze króla neapolitańskiego.
W roku 1413 z ramienia króla Neapolu, Władysława Andegaweńskiego, namiestnikiem Perugii został Coluccio z Chieti. Do pomocy dobrał on sobie 6 administratorów, po jednym nad każdym okręgiem. Wśród nich znalazł się młody Kapistran. Miał wówczas 26 lat. Jednak w dwa lata potem wybuchła wojna (1415). Jan został uwięziony. Początkowo usiłował zbiec z więzienia i byłoby się to udało, gdyby sznur, zrobiony z bielizny i ubrania, nie zerwał się. Jan spadł na dół i boleśnie się potłukł. Został pochwycony i był tym pilniej strzeżony. Długie miesiące spędzone w potwornych warunkach i w zupełnym opuszczeniu otworzyły mu oczy. Zaczął oddawać się żarliwej modlitwie. Postanowił po wyjściu z więzienia poświęcić się na wyłączną służbę Bożą. Według jego zeznań w więzieniu pewnego dnia pojawił mu się św. Franciszek z Asyżu i zachęcił go, by po uwolnieniu wstąpił do grona jego duchowych synów.
Po złożeniu odpowiednio wysokiego okupu Jan wyszedł na wolność. Postanowił wypełnić natychmiast złożony Panu Bogu ślub. Aby to było możliwe, musiał zrezygnować z życia rodzinnego, do którego wcześnie się sposobił. Hagiografowie nie są w tej sprawie zgodni. Jedni podają, że zerwał zaręczyny, inni - że był już żonaty, ale małżeństwo było non consumatum, więc uzyskał od niego dyspensę papieską.
W czasie studiów filozoficznych i teologicznych Jan Kapistran zetknął się ze św. Bernardynem ze Sieny, który wówczas był w klasztorze jego nauczycielem. Odtąd przyjaźnili się aż do śmierci. Św. Bernardyn właśnie wtedy przeprowadzał dzieło reformy zakonu franciszkańskiego. Poznał się rychło na Janie Kapistranie i mianował go zaraz po święceniach kapłańskich kaznodzieją zakonu. Odtąd Jan za przykładem swojego mistrza przebiegał wioski i miasta Włoch, głosząc konieczność poprawy życia i nawołując do pokuty. Wszędzie też, gdzie tylko nadarzyła się okazja, zakładał klasztory obserwantów według reformy św. Bernardyna.

Niebawem sława Jana dotarła do Rzymu. Odtąd papieże często korzystali z jego pomocy. W latach 1435-1436 Jan otrzymał polecenie od Eugeniusza IV, by pośredniczył w sporze, jaki zaistniał na dworze króla Neapolu odnośnie do następstwa tronu. W latach 1440-1442 musiał łagodzić napięcia pomiędzy Mediolanem a Bazyleą. W roku 1442 w podobnej sprawie został wysłany przez papieża na Sycylię, a przedtem jeszcze w roku 1437 do Wenecji, by z tamtejszym przyszłym patriarchą, św. Wawrzyńcem Justynianem, przeprowadzić śledztwo w sprawie zarzutów stawianym jezuatom, założonym w roku 1367 przez św. Jana Kolumbini. Zaraz potem Jan wyruszył do Ziemi Świętej, by zwizytować placówki obserwantów, którymi za zezwoleniem papieża obsadził sanktuaria tamtejsze (1438-1442). Udało mu się nakłonić tamtejszych hierarchów prawosławnych, żeby wzięli udział w unii florenckiej w roku 1439.
W roku 1451 cesarz Rzeszy Niemieckiej, Fryderyk III, wysłał do papieża Mikołaja V poselstwo w celu wyjednania u papieża ogłoszenia krucjaty przeciwko Turkom i przeciwko husytom czeskim. Papież uznał za najodpowiedniejszego do tej misji Jana Kapistrana. Mianował go więc swoim legatem i dał mu wszelkie konieczne pełnomocnictwa, z urzędem inkwizytora włącznie. Na całym szlaku podróży (we Włoszech, Austrii, Francji, Niemczech, w Polsce, na pograniczu Czech i Moraw, na Węgrzech) witali go z najwyższymi honorami: cesarz, królowie, magnaci, biskupi i tłumy wiernych. Jan niezmordowanie przemawiał na rzecz krucjaty. Przemierzając te kraje organizował szpitale i inne dzieła miłosierdzia.
Korzystając z okazji, że Jan Kapistran jest już tak blisko granic Polski, król Kazimierz Jagiellończyk i biskup krakowski, kardynał Zbigniew Oleśnicki, zaprosili go do Polski. Okazały poczet królewski towarzyszył legatowi papieskiemu z Wrocławia do Krakowa. W Polsce Jan zatrzymał się 8 miesięcy. Trwałą pamiątką jego pobytu było założenie przez niego dwóch klasztorów obserwantów w Polsce: w Krakowie (1453) i w Warszawie (1454).
I we Wrocławiu, i w Krakowie Jan głosił płomienne, wielogodzinne kazania, na które przybywały tysiące ludzi. Jak odnotowali kronikarze, mieszczanie wrocławscy tak przejęli się naukami kaznodziei, że na wielkim stosie spalili przedmioty, które prowadziły ich do grzechu (m.in. zwierciadła). W Krakowie słuchano nauk na Rynku Głównym (który ma aż 4 ha powierzchni), a i tu ludzie ledwie mieścili się. Każdy chciał posłuchać i zobaczyć słynnego zakonnika, który nie dość, że mówił rzeczy ważne, to jeszcze gestykulował tak, że nauki stawały się bardziej zrozumiałe i łatwiej je było zapamiętać.
Jednak podjęta przez Kapistrana misja zorganizowania antytureckiej krucjaty nie powiodła się. Polska, sama zagrożona przez Krzyżaków, nie włączyła się do wojny przeciwko Turkom. Jeszcze gorzej było w Czechach - husyci zamknęli przed legatem papieskim bramy do Pragi. Jan udał się więc na Węgry, częściowo już opanowane przez Turków. 6 sierpnia 1456 r. doszło do krwawej rozprawy pod Belgradem, w której wódz Jan Hunyadi odniósł wspaniałe zwycięstwo. Duchowym sprawcą tego triumfu był Jan Kapistran. Nie tylko bowiem zachęcał do walki płomiennymi przemówieniami, ale sam osobiście na koniu spieszył tam, gdzie załamywały się szeregi, i dodawał odwagi walczącym. Wyczerpany, pozbawiony zupełnie sił, przeżył jeszcze dwa miesiące i 10 października 1456 r. zmarł w mieście Uliak w 70. roku życia. Tam też spoczęły jego śmiertelne szczątki.
W swym aktywnym życiu poświęcał wiele czasu na modlitwę. Prowadził życie umartwione. Często pościł. Miał dar przepowiadania przyszłości. Nazwano go "apostołem zjednoczonej (po schizmie) Europy". Już w roku 1514 papież Leon X zezwolił diecezji w Sulmonie na obchodzenie jego dorocznego święta. Grzegorz XV w roku 1622 przywilej ten rozszerzył na cały Kościół. Uroczysta kanonizacja nastąpiła dopiero w roku 1690. Dokonał jej Aleksander VII.
Św. Jan Kapistran zostawił po sobie kilkanaście drobnych pism ascetycznych i polemicznych, jak np.: O powadze papieża i soboru, Zwierciadło kleru, O pożądliwości, Zwierciadło sumienia itp. Najcenniejsze są jego listy, które dają wgląd w jego osobowość i sytuację, jaka panowała za jego czasów. Jest patronem prawników.

W ikonografii św. Jan Kapistran przedstawiany jest w habicie franciszkańskim. Jego atrybuty: gwiazda koło głowy, krucyfiks, księga, monstrancja w rękach, noga depcząca turecki turban, sztandar z krzyżem.