Jan Nepomucen Chrzan urodził się w 1885 r. w Gostyczynie w Wielkopolsce jako trzecie dziecko (jedno z siedmiorga rodzeństwa) Bartłomieja i Stanisławy. Uczęszczał do szkoły ludowej, którą kierował jego ojciec, a po jej ukończeniu do Gimnazjum Królewskiego w Ostrowcu Wlkp. To w nim zrodziło się jego powołanie kapłańskie. Wstąpił do seminarium duchownego, najpierw w Poznaniu, a potem w Gnieźnie. W 1909 r. ukończył je i na początku 1910 r. przyjął święcenia kapłańskie.
Pracował jako wikariusz w Słupach, Czerminie, Broniszewicach, Kcyni, Zielińcu i Bieganowie. W tej ostatniej miejscowości w 1919 r. został proboszczem. Po sześciu latach został proboszczem w parafii pw. św. Stanisława Biskupa we wsi Żerków. Prowadził tu, oprócz pracy duszpasterskej, także działalność społeczną – był m.in. przewodniczącym Rady Nadzorczej Banku Ludowego, członkiem Bractwa Kurkowego.
W pierwszych dniach września 1939 r. do Żerkowa weszli Niemcy i natychmiast poddali szykanom i prześladowaniom proboszcza i dziekana, znanego z duszpasterskiej, społecznej i patriotycznej postawy. Kilkukrotnie napadali na plebanię, bijąc Jana Nepomucena. Wkrótce zamknęli kościół, dozwalając na jego otwieranie tylko w niedziele, na Mszę św. sprawowaną pod nadzorem niemieckiej policji.

6 października 1941 r. ks. Chrzan został aresztowany. Przewieziono go do Fortu VII, do obozu koncentracyjnego KL-Posen w Poznaniu. Stamtąd, po przeszło trzech tygodniach, deportowano go do obozu KL Dachau i nadano mu numer 28097. Początkowo ze wzburzeniem reagował na bestialskie traktowanie więzionych, na poniżenia, tortury. W miarę upływu czasu przyjął wszystkie upokorzenia wobec siebie i męczarnie jako wyraz woli Boga. Jak zaświadczył jeden ze współwięźniów, ks. Dezydery Wróblewski: "zmienił się bardzo, tak iż ufając całkowicie łasce Bożej, oddając się całkowicie Bogu, był w stanie znieść wszelkie cierpienia".
Zmaltretowany, chory i wycieńczony, zmarł 1 lipca 1942 r. Jego ostatnie słowa miały brzmieć: "Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus". Jego ciało spalono w obozowym krematorium. W gronie 108 polskich męczenników II wojny światowej został beatyfikowany przez św. Jana Pawła II w Warszawie 13 czerwca 1999 r.