Jan urodził się w Dukli około roku 1414. O jego rodzicach wiemy tylko tyle, że byli mieszczanami. Nie możemy także nic konkretnego powiedzieć o młodości Jana. Zapewne uczęszczał do miejscowej szkoły, potem udał się do Krakowa. Legenda głosi, że tam studiował, jednak brak źródeł historycznych, które potwierdzałyby ten fakt.
Według miejscowej tradycji Jan miał już od młodości prowadzić życie pustelnicze w pobliskich lasach u stóp góry zwanej Cergową. Do dziś w odległości kilku kilometrów od Dukli znajduje się pustelnia i kościółek drewniany, wystawiony pod wezwaniem św. Jana z Dukli na miejscu, gdzie miał on samotnie prowadzić bogobojne życie.
Nie znamy przyczyn, dla których Jan opuścił pustelnię i wstąpił do franciszkanów konwentualnych, zapewne w pobliskim Krośnie, w latach 1434-1440. Po nowicjacie i złożeniu profesji zakonnej odbył studia kanoniczne i został wyświęcony na kapłana. Musiały to być studia solidne, skoro Jan został od razu powołany na urząd kaznodziei. Urząd ten bowiem powierzano w klasztorach franciszkańskich kapłanom wyjątkowo uzdolnionym i wewnętrznie uformowanym. Tego wymagał w regule św. Franciszek, założyciel zakonu.
Jan przez szereg lat piastował także obowiązki gwardiana, czyli przełożonego klasztoru: w Krośnie i we Lwowie. Wreszcie powierzono mu urząd kustosza kustodii, czyli całego okręgu lwowskiego. Po złożeniu tego urzędu ponownie zlecono mu urząd kaznodziei we Lwowie.
W latach 1453-1454, na zaproszenie króla Kazimierza Jagiellończyka i biskupa krakowskiego, kardynała Zbigniewa Oleśnickiego, przebywał w Polsce św. Jan Kapistran, reformator franciszkańskiego życia zakonnego. Założył klasztory obserwantów, czyli franciszkanów reguły obostrzonej, w Krakowie (1453) i w Warszawie (1454). W roku 1461 obserwanci założyli również konwent we Lwowie. Od krakowskiego klasztoru pw. św. Bernardyna zaczęto powszechnie nazywać polskich obserwantów bernardynami. Jan z Dukli obserwował życie bernardynów i umacniał się ich gorliwością. Postanowił do nich wstąpić. Do roku 1517 franciszkanie konwentualni i obserwanci mieli wspólnego przełożonego generalnego. Jednak przejście z jednego zakonu do drugiego poczytywano zawsze za rodzaj dezercji. Istniały ponadto przepisy w zakonie obserwantów, utrudniające przyjęcie zakonników konwentualnych w obawie o zaniżenie karności i ducha zakonnego. Ojciec Jan musiał więc być dobrze znany, skoro przyjęto go bez wahania. Nadarzyła się zresztą ku temu okazja. Z Czech przybył prowincjał franciszkanów konwentualnych, któremu podlegał Jan. Poprosił prowincjała, by zezwolił mu wstąpić do obserwantów. Według relacji miejscowej tradycji prowincjał, sądząc, że Jan chce odwiedzić kogoś w konwencie obserwantów, chętnie się zgodził. Kiedy zaś spostrzegł swoją pomyłkę, nie mógł już zmusić o. Jana do powrotu. Było to prawdopodobnie w roku 1463.
Chociaż o. Jan był wtedy już starszy, przeżył u obserwantów jeszcze 21 lat. Krótki czas przebywał w Poznaniu, by następnie powrócić do ukochanego Lwowa i tam spędzić resztę życia. Tu powierzono mu funkcję kaznodziei i spowiednika. Pod koniec życia miał utracić wzrok. Jako dorobek wielu lat pracy kaznodziejskiej zostawił zbiór kazań, które jednak zaginęły. Rozmiłowany w modlitwie, poświęcał na nią długie godziny. Dla dokładnego zapoznania się z konstytucjami nowego zakonu wczytywał się w nie pilnie, a gdy utracił wzrok, prosił, by odczytywał mu je kleryk, bo chciał się ich wyuczyć na pamięć. Do ślepoty dołączyła się ponadto choroba bezwładu nóg.
Jan oddał Bogu ducha w konwencie lwowskim 29 września 1484 roku. Pochowano go w kościele klasztornym, w chórze zakonnym, za wielkim ołtarzem. Przekonanie o świętości kapłana było tak powszechne, że zaraz po jego śmierci wierni zaczęli gromadzić się w pobliżu jego grobu i modlić się do niego o łaski. W roku 1487 obserwanci wystarali się u papieża, Innocentego VIII, o zezwolenie na "podniesienie ciała", co równało się pozwoleniu na oddawanie mu czci publicznej. Zezwolenie przywiózł ze sobą z Rzymu komisarz generała zakonu, o. Ludwik de la Torre, ale sam akt przeniesienia odbył się dopiero w roku 1521. Nowy grób umieszczono nad posadzką w prezbiterium po prawej stronie. W roku 1608 z racji budowy nowego kościoła wystawiono marmurowy sarkofag, przeniesiony w roku 1740 za wielki ołtarz.
Do roku 1946 trumienka z relikwiami Jana znajdowała się we Lwowie, w latach 1946-1974 w kościele bernardynów w Rzeszowie, obecnie zaś jest w Dukli.
Liczne łaski, otrzymywane za pośrednictwem sługi Bożego, ściągały do jego grobu nie tylko katolików, ale także prawosławnych i Ormian. Mnożyły się także wota dziękczynne. Kiedy w roku 1648 Lwów został ocalony w czasie oblężenia przez Bohdana Chmielnickiego, przypisywano to wstawiennictwu Jana z Dukli, gdyż gorąco modlono się do niego. Proces kanoniczny rozpoczął się w roku 1615. Prośbę o beatyfikację przesłał do Rzymu król Zygmunt III Waza i biskupi polscy, jak też wielu senatorów. Proces, wiele razy przerywany, został wreszcie ukończony szczęśliwie w roku 1731. Na podstawie nieprzerwanego kultu, jakim sługa Boży się cieszył, papież Klemens XII w roku 1733 ogłosił ojca Jana błogosławionym, wyznaczając na dzień jego święta 19 lipca. Termin ten, kilka razy przenoszony, reforma kalendarza liturgicznego w Polsce w roku 1974 ustaliła na 3 października. Po kanonizacji jednak przesunięto go na dzień 8 lipca.
W roku 1739 na prośbę króla Augusta III Sasa, biskupów i kapituł katedralnych oraz magistratu lwowskiego papież Klemens XII ogłosił bł. Jana z Dukli patronem Korony oraz Litwy. Papież Benedykt XIV nadał odpust zupełny na doroczną uroczystość bł. Jana dla kościołów obserwantów w Polsce (1742). Już w roku 1754 król August III Sas wniósł prośbę do Rzymu o kanonizację bł. Jana z Dukli. Prośbę ponowił król Stanisław August Poniatowski w roku 1764, uczynił to również sejm polski. Niewola jednak przerwała zabiegi. Dopiero w roku 1957 Episkopat Polski wystąpił do Stolicy Świętej z ponowną prośbą. Kanonizacji dokonał w Krośnie papież św. Jan Paweł II podczas swojej wizyty w dniu 10 czerwca 1997 r.

W ikonografii przedstawiany jest w habicie zakonnika, czasami jako niewidomy. Jego atrybutem są promienie światła.