Jan urodził się 6 stycznia 1500 r. w Almodóvar del Campo, w hiszpańskiej rodzinie szlacheckiej o korzeniach żydowskich. Już jako 14-latek podjął studia prawnicze na uniwersytecie w Salamance, a potem studiował filozofię i teologię w seminarium w Alcalá. Po śmierci rodziców rozdał majątek ubogim. Po przyjęciu święceń kapłańskich zaprosił do stołu na obiad prymicyjny dwunastu żebraków i osobiście im usługiwał.
Pragnął wyjechać na misje do Ameryki, ale arcybiskup Sewilli zlecił mu wędrowne misje ludowe. Przemierzał więc całą Andaluzję, katechizując dzieci i ucząc dorosłych modlitwy, a nade wszystko spowiadał. Ponieważ nie przyjmował ofiar za intencje mszalne, wiódł bardzo ubogi żywot. W 1531 r. oskarżono go o iluminizm - przeświadczenie, że prawdę można poznać nie drogą rozumowania, lecz wyłącznie intuicyjnie, dzięki oświeceniu umysłu przez Boga. Podejrzewany o głoszenie herezji, spędził dwa lata w więzieniu inkwizycji, ale ostatecznie oczyszczono go z zarzutów i po licznych interwencjach został uwolniony. Udał się wtedy do Granady, a potem powrócił do Andaluzji. Po 1540 r. poświęcił się dziełu tworzenia sieci kolegiów oraz szkół wyższych. Założył m.in. uniwersytet w Baeza na południu Hiszpanii. Powołał także do istnienia stowarzyszenie życia wewnętrznego.
Do historii przeszedł nie tylko jako misjonarz ludowy, mistyk, wykładowca akademicki i autor dzieł o życiu duchowym, które wysoko cenili m.in. św. Franciszek Salezy i św. Alfons Liguori. Był bowiem porywającym kaznodzieją, a głoszone przez niego nauki doprowadziły do niejednego nawrócenia. Wystarczy przypomnieć św. Jana Bożego, który po wysłuchaniu w Granadzie jego kazania tak gorliwie pokutował i okazywał żal za grzechy, że został uznany za szaleńca. Z kolei wicekról Katalonii tak bardzo był poruszony kazaniem Jana wygłoszonym podczas pogrzebu królowej Izabeli Portugalskiej, że wstąpił do jezuitów - znamy go jako św. Franciszka Borgiasza. Do grona duchowych podopiecznych Jana, z którymi prowadził korespondencję, należeli także święci: Ludwik z Granady, Ignacy Loyola i Teresa z Ávila.
Zmarł 10 maja 1569 r. w Montilla koło Kordoby. Jego kult zaaprobował Klemens XIII, ogłaszając go sługą Bożym w dniu 8 lutego 1759 r. Beatyfikował go Leon XIII 4 kwietnia 1894 r. W dniu 31 maja 1970 roku kanonizował go papież Paweł VI, który uważał, że Jan powinien być wzorem do naśladowania dla wszystkich współczesnych księży, cierpiących na kryzys tożsamości. 7 października 2012 r. papież Benedykt XVI ogłosił św. Jana z Avili doktorem Kościoła powszechnego, wraz ze św. Hildegardą z Bingen.