Andrzej urodził się 30 listopada 1591 r. w Strachocinie koło Sanoka. Pochodził ze szlacheckiej rodziny, bardzo przywiązanej do religii katolickiej. Nauki humanistyczne wstępne i średnie wraz z retoryką Andrzej pobierał w jednej ze szkół jezuickich, prawdopodobnie w Wilnie, w latach 1606-1611. Tu zdobył sztukę wymowy i doskonałą znajomość języka greckiego, co ułatwiło mu w przyszłości rozczytywanie się w greckich ojcach Kościoła i dyskusje z teologami prawosławnymi.
31 lipca 1611 r., w wieku 20 lat, wstąpił do jezuitów w Wilnie. Po dwóch latach nowicjatu złożył w 1613 r. śluby proste. W latach 1613-1616 studiował filozofię na Akademii Wileńskiej, kończąc studia z wynikiem dobrym. Ówczesnym zwyczajem jako kleryk został przeznaczony do jednego z kolegiów do pracy pedagogicznej. Po dwóch latach nauczania młodzieży (1616-1618), najpierw w Brunsberdze (Braniewie), w stolicy Warmii, a potem w Pułtusku, wrócił na Akademię Wileńską na dalsze studia teologiczne (1618-1622), które ukończył święceniami kapłańskimi (12 marca 1622 r.). Rok później dopuszczony został do tak zwanej "trzeciej probacji" w Nieświeżu.
W latach 1623-1624 był rektorem kościoła, kaznodzieją, spowiednikiem, misjonarzem ludowym i prefektem bursy dla ubogiej młodzieży w Nieświeżu. Jako misjonarz, Andrzej obchodził zaniedbane wioski, chrzcił, łączył sakramentem pary małżeńskie, wielu grzeszników skłonił do spowiedzi, nawracał prawosławnych. W latach 1624-1630 kierował Sodalicją Mariańską mieszczan, prowadził konferencje z Pisma świętego i dogmatyki. Wreszcie został mianowany rektorem kościoła w Wilnie. W latach 1630-1633 był przełożonym nowo założonego domu zakonnego w Bobrujsku. Następnie przebywał w Połocku w charakterze moderatora Sodalicji Mariańskiej wśród młodzieży tamtejszego kolegium (1633-1635). W roku 1636 był kaznodzieją w Warszawie. W roku 1637 pracował ponownie w Połocku jako kaznodzieja i dyrektor studiów młodzieży. W latach 1638-1642 pełnił w Łomży urząd kaznodziei i dyrektora w szkole kolegiackiej. W latach 1642-1643 ponownie w Wilnie pełnił funkcję moderatora Sodalicji Mariańskiej i kaznodziei. Podobne obowiązki spełniał w Pińsku (1643-1646), a potem ponownie w Wilnie (1646-1652). Od roku 1652 pełnił w Pińsku urząd kaznodziei w kościele św. Stanisława. W tym czasie oddawał się pracy misyjnej nad ludem w okolicach Pińska.
Z relacji mu współczesnych wynika, że Andrzej był skłonny do gniewu i zapalczywości, do uporu we własnym zdaniu, niecierpliwy. Jednak zostawione na piśmie świadectwa przełożonych podkreślają, że o. Andrzej pracował nad sobą, że miał wybitne zdolności, był dobrym kaznodzieją, miał dar obcowania z ludźmi. Dowodem tego były usilne starania ówczesnego prowincjała zakonu w Polsce u generalnego przełożonego, aby o. Andrzeja dopuścić do "profesji uroczystej", co było przywilejem tylko jezuitów najzdolniejszych i moralnie stojących najwyżej. Wytrwałą pracą nad sobą o. Andrzej doszedł do takiego stopnia doskonałości chrześcijańskiej i zakonnej, że pod koniec życia powszechnie nazywano go świętym. Dzięki Bożej łasce potrafił wznieść przeciętność na wyżyny heroizmu.
Andrzej wyróżniał się żarliwością o zbawienie dusz. Dlatego był niezmordowany w głoszeniu kazań i w spowiadaniu. Mieszkańcy Polesia żyli w wielkim zaniedbaniu religijnym. Szerzyła się ciemnota, zabobony, pijaństwo. Andrzej chodził po wioskach od domu do domu i nauczał. Nazwano go apostołem Pińszczyzny i Polesia. Pod wpływem jego kazań wielu prawosławnych przeszło na katolicyzm. Jego gorliwość, którą określa nadany mu przydomek "łowca dusz - duszochwat", była powodem wrogości ortodoksów. W czasie wojen kozackich przerodziła się w nienawiść i miała tragiczny finał.
Pińsk jako miasto pogranicza Rusi i prawosławia był w tamtym okresie często miejscem walk i zatargów. Zniszczony w roku 1648, odbity przez wojska polskie, w roku 1655 zostaje ponownie zajęty przez wojska carskie, które wśród ludności miejscowej urządziły rzeź. W roku 1657 Pińsk jest w rękach polskich i jezuici mogą wrócić tu do normalnej pracy. Ale jeszcze w tym samym roku Kozacy ponownie najeżdżają Polskę. W maju roku 1657 Pińsk zajmuje oddział kozacki pod dowództwem Jana Lichego. Najbardziej zagrożeni jezuici: Maffon i Bobola opuszczają miasto i chronią się ucieczką. Muszą kryć się po okolicznych wioskach. Dnia 15 maja o. Maffon zostaje ujęty w Horodcu przez oddział Zielenieckiego i Popeńki i na miejscu ponosi śmierć męczeńską.
Andrzej Bobola schronił się do Janowa, odległego od Pińska około 30 kilometrów. Stamtąd udał się do wsi Peredił. 16 maja do Janowa wpadły oddziały i zaczęły mordować Polaków i Żydów. Wypytywano, gdzie jest o. Andrzej. Na wiadomość, że jest w Peredilu, wzięli ze sobą jako przewodnika Jakuba Czetwerynkę. Andrzej na prośbę mieszkańców wsi, którzy dowiedzieli się, że jest poszukiwany, chciał użyczonym wozem ratować się ucieczką. Kiedy dojeżdżali do wsi Mogilno, napotkali oddział żołnierzy.
Z Andrzeja zdarto suknię kapłańską, na pół obnażonego zaprowadzono pod płot, przywiązano go do słupa i zaczęto bić nahajami. Kiedy ani namowy, ani krwawe bicie nie złamało kapłana, aby się wyrzekł wiary, oprawcy ucięli świeże gałęzie wierzbowe, upletli z niej koronę na wzór Chrystusowej i włożyli ją na jego głowę tak, aby jednak nie pękła czaszka. Zaczęto go policzkować, aż wybito mu zęby, wyrywano mu paznokcie i zdarto skórę z górnej części ręki. Odwiązali go wreszcie oprawcy i okręcili sznurem, a dwa jego końce przymocowali do siodeł. Andrzej musiał biec za końmi, popędzany kłuciem lanc. W Janowie przyprowadzono go przed dowódcę. Ten zapytał: "Jesteś ty ksiądz?". "Tak", padła odpowiedź, "moja wiara prowadzi do zbawienia. Nawróćcie się". Na te słowa dowódca zamierzył się szablą i byłby zabił Andrzeja, gdyby ten nie zasłonił się ręką, która została zraniona.
Kapłana zawleczono więc do rzeźni miejskiej, rozłożono go na stole i zaczęto przypalać ogniem. Na miejscu tonsury wycięto mu ciało do kości na głowie, na plecach wycięto mu skórę w formie ornatu, rany posypywano sieczką, odcięto mu nos, wargi, wykłuto mu jedno oko. Kiedy z bólu i jęku wzywał stale imienia Jezus, w karku zrobiono otwór i wyrwano mu język u nasady. Potem powieszono go twarzą do dołu. Uderzeniem szabli w głowę dowódca zakończył nieludzkie męczarnie Andrzeja Boboli dnia 16 maja 1657 roku.
Kozacy wkrótce wycofali się do miasta. Ciało Męczennika przeniesiono do miejscowego kościoła. Jezuici przenieśli je potem do Pińska i pochowali w podziemiach kościoła klasztornego. Po latach o miejscu pochowania Andrzeja zapomniano. Dnia 16 kwietnia 1702 roku Andrzej ukazał się rektorowi kolegium pińskiego i wskazał, gdzie w krypcie kościoła pod ołtarzem głównym znajduje się jego grób. Ciało znaleziono nietknięte, mimo że spoczywało w wilgotnej ziemi. Było nawet giętkie, jakby niedawno zmarłego człowieka. Zaczęły się mnożyć łaski i cuda. Od roku 1712 podjęto starania o beatyfikację. Niestety, kasata jezuitów i wojny, a potem rozbiory przerwały te starania. Ponownie Andrzej miał ukazać się w Wilnie w 1819 r. dominikaninowi, o. Korzenieckiemu, któremu przepowiedział wskrzeszenie Polski (będącej wówczas pod zaborami) i to, że zostanie jej patronem. Ku wielkiej radości Polaków beatyfikacja miała miejsce dnia 30 października 1853 roku.
W roku 1820 jezuici zostali usunięci z Rosji, a opiekę nad ciałem Świętego objęli pijarzy (1820-1830). Relikwie przeniesiono potem do kościoła dominikanów. Wreszcie po wydaleniu dominikanów (1864) przejęli straż nad kościołem i relikwiami kapłani diecezjalni. W roku 1917 przy udziale metropolity mohylewskiego Edwarda von Roppa dokonano przełożenia relikwii. W roku 1922, po wybuchu rewolucji, ciało zostało przeniesione do Moskwy do muzeum medycznego. W roku 1923 rząd rewolucyjny na prośbę Stolicy Apostolskiej zwrócił śmiertelne szczątki bł. Andrzeja. Przewieziono je do Watykanu do kaplicy św. Matyldy, a w roku 1924 do kościoła jezuitów w Rzymie Il Gesu. 17 kwietnia 1938 roku, w uroczystość Zmartwychwstania Pańskiego, Pius XI dokonał uroczystej kanonizacji bł. Andrzeja (wraz z bł. Janem Leonardim i bł. Salvatorem de Horta). W roku 1938 relikwie św. Andrzeja zostały uroczyście przewiezione do kraju. Przejazd relikwii specjalnym pociągiem przez Lublianę, Budapeszt do Polski, a następnie przez wiele polskich miast (w tym Kraków, Poznań, Łódź aż do Warszawy) był wielkim wydarzeniem. W każdym mieście na trasie organizowano uroczystości z oddaniem czci świętemu Męczennikowi. W Warszawie, po powitaniu w katedrze, relikwie spoczęły w srebrno-kryształowej trumnie-relikwiarzu w kaplicy jezuitów przy ul. Rakowieckiej. W roku 1939 relikwie zostały przeniesione do kościoła jezuitów na Starym Mieście. Podczas pożaru tego kościoła trumnę przeniesiono do dominikańskiego kościoła św. Jacka, by w roku 1945 przenieść ją ponownie do kaplicy przy ul. Rakowieckiej. Tam do dziś szczątki doznają czci w nowo wybudowanym kościele św. Andrzeja Boboli, podniesionym do rangi narodowego sanktuarium. Warto jeszcze dodać, że z okazji 300-letniej rocznicy śmierci św. Andrzeja papież Pius XII wydał osobną encyklikę (16 V 1957), wychwalając wielkiego Męczennika.
W kwietniu 2002 r. watykańska Kongregacja Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów, przychylając się do prośby Prymasa Polski kard. Józefa Glempa, nadała św. Andrzejowi Boboli tytuł drugorzędnego patrona Polski. Od tej pory obchód ku jego czci podniesiony został w całym kraju do rangi święta. Uroczystego ogłoszenia św. Andrzeja Boboli patronem Polski dokonał kard. Józef Glemp w Warszawie podczas Mszy świętej w sanktuarium ojców jezuitów, w którym są przechowywanie relikwie Świętego, 16 maja 2002 r. Święty jest ponadto patronem metropolii warszawskiej, archidiecezji białostockiej i warmińskiej, diecezji drohiczyńskiej, łomżyńskiej, pińskiej i płockiej. Jest czczony także jako patron kolejarzy.

W ikonografii św. Andrzej Bobola przedstawiany jest w stroju jezuity z szablami wbitymi w jego kark i prawą rękę lub jako wędrowiec.